在设计案的发展中，洛克希德的内部编号随著设计变更从A-1一直到A-11，A-11是第一个进行测试飞行的，装上了推力较低的J-75涡轮喷射引擎，因为原本要使用的普惠J-58引擎的开发延误了。当J-58终于抵达大牧场(51区)，装上飞机成为第12个构型后，编号也随之变更为A-12，这个编号便持续使用到制造与运作。A-12共建造了18架，其中3架被转用为YF-12，也就是F-12拦截机型的原型机。 经过对A-11及后来加装的火控、武器系统的大量试飞验证，美军认为这一战斗机技术不够成熟，放弃了计划。但A-11的优秀性能使得美军决定将其改进型作为高空高速战略侦察机使用，这就成就了SR-71。而A-11上的火控、武器系统也为后来海军F-14战斗机的研制打下了很好的基础。A-11与后来的SR-71外观上主要的区别是边条与机头雷达罩之间有一个切口，而SR-71则没有。A-11有两名机组成员：飞行员和武器操作手。相应的SR-71上也有两名成员：飞行员和系统操作手。座舱呈纵列式。由于SR-71的飞行高度和速度都超出人体可承受的范围，两名成员必须穿着全密封的飞行服，看上去外观与宇航员类似。空军用的侦察机型原本称为R-12。然而在1964年的总统大选，参议员Barry Goldwater持续抨击詹森(Lyndon B. Johnson)总统与新武器研发上落后于苏联，詹森总统决定以高度机密性的A-12计划，及存在的侦察型进行回击。 空军计划将R-12重新编号为RS-71(代表Reconnaissance-Strike，侦察—打击)，接续在已有两次试飞的RS-70(XB-70女武神式轰炸机的衍生型)之后。然而，空军参谋长(Air Force Chief of Staff)Curtis LeMay更喜欢SR的编号，也想将RS-70改编号为SR-70，这时给予媒体的新闻稿仍然写著RS-71，造成总统误读飞机编号的传闻。计划的公开与新编号使臭鼬鼠工厂与空军中参与计划的人员受到震撼;所有印刷了的维修手册、飞行员手册、训练vufoil、机座和材料都已印上了R-12。依照詹森总统的演说，编号依据指挥官命令变更为SR-71，并立即重新印制29,000份蓝图。
