"金刚"级装备有2座四联装"鱼叉"反舰导弹发射装置，而"爱宕"级则换装了外型相似的2座四联装90式(SSM-1B)反舰导弹发射装置(备有8枚90式导弹)。"爱宕"级2座90式导弹发射装置布置在2座烟囱之间，这种发射装置也可以发射"鱼叉"反舰导弹。"爱宕"级使用日本研制的WPC-1A武器控制系统来控制发射90式导弹，WPC-1A通过接收来自舰上指挥控制数据，解算发射导弹的相关数据，进行任务规划，并确定导弹的发射时机。除使用日本研制的WPC-1A武器控制系统外，90式导弹也可使用"鱼叉"导弹的AN/SWG-1A武器控制系统。
90式导弹是日本20世纪90年代初期自行研制成功的反舰导弹，装备了"村雨"级和"高波"级驱逐舰以及2型导弹艇。90式导弹长5.09米，弹径0.35米，弹重667千克，推进装置采用1台涡轮喷气发动机，飞行速度0.9马赫，最大射程150千米，单发命中概率95%。90式导弹弹体呈圆柱形，头部为卵圆形，采用铝合金结构，弹体中部和尾部有呈X形配置的弹翼与控制尾翼，具有扇面发射能力，弹翼折叠后存放在密封的圆形发射筒中。导弹采用了具有抗干扰能力的宽频带频率捷变主动雷达导引头和先进的数字式计算机，中段为惯性+雷达高度表修正制导，末段为主动雷达导引头制导(并可根据需要加装末端红外成像导引头)，可对20千米处的水面目标进行锁定。战斗部为重230千克的半穿甲爆破型，带有延时触发引信和近炸引信。导弹在巡航时的飞行高度为30米，在末端攻击时下降到5米，在距离目标3千米时可突然跃升而后俯冲攻击目标，以降低被拦截的概率。90式反舰导弹可接收来自SH-60J/K直升机、E-2C和E-767预警机、EP-3电子战飞机等平台的超视距目标指示信息，从而超视距打击150千米远的各种水面目标。
为了适应弹道导弹防御作战和1000海里远洋护航作战的需求，日本海上自卫队已经决定从2007年起对其机动打击力量-护卫舰队下属的4个护卫队群("八八"舰队)进行结构调整。原来每个护卫队群下的3支护卫队以及1艘直升机驱逐舰将整合为2支护卫队，即直升机驱逐舰战斗群(DDH战斗群)和防空导弹驱逐舰战斗群(DDG战斗群)。两种战斗群各编有1艘防空驱逐舰，DDH战斗群主要执行远洋反潜作战，DDG战斗群除执行区域防空作战外，另外一项重要任务就是执行弹道导弹防御作战。调整后新的护卫队群的战斗能力将上升到一个新的层次，使用也更加灵活，原先以远洋反潜作战为主要作战任务的"八八"舰队也将结束其历史使命。因此，"爱宕"级服役后，日本海上自卫队可以采用更为灵活有效的编组方式将其编入DDH战斗群或DDG战斗群，从而大大加强远洋综合作战能力，加速推动海上自卫队由"近海专守防御"向"远洋积极防御"的战略转变。
根据日本的规划，在执行弹道导弹防御作战时，至少需要6艘"宙斯盾"驱逐舰将全部资源用于弹道导弹防御。而随着日本的防卫战略不断向海外延伸，其军事力量的建设早巳突破"专守防卫"的限制，海上自卫队也需要"宙斯盾"驱逐舰支援美国领导的军事行动，因此现有的6艘"宙斯盾"驱逐舰已经难以满足日本海上自卫队不断增加的需求。最近有消息称，日本已经计划在下一个《中期防卫力量整备计划》中再建造2艘"宙斯盾"驱逐舰，并于2018年前完成部署。届时，由8艘"宙斯盾"驱逐舰和4艘具有全直通甲板的16DDH直升机驱逐舰为核心的日本海上自卫队整体作战能力仍将处于世界前列，并在技术上继续保持对亚洲其他国家的领先地位，从而巩固日本在东亚地区战略格局中的优势地位。
