魏新称，2005年银行逼债方正，只因方正对北大资源担保近20亿元。几经周折后，2008年2月方正控股北大资源，持股60%。
半年后，为不并表拖累集团当年业绩，方正分别转让了北大资源35%和5%的股份给利德科技和北京新奥特集团有限公司。又过了三年，北大资源的亏损才得以初步解决。
2006年间，方正集团的董事们多次找到学校，希望北大给予支持。
“有北大支持，我们自己也全线调整经营资金，确保还贷。”余丽说。最难的时候，李友、余丽等高管从个人财产中拿出6000多万元给集团当流动资金。集团董事、总裁张兆东，董事张旋龙，均对财新记者确认了这一细节。
到2007年春，股市回暖，前期收购的方正证券等开始创造巨量利润，方正缓了过来。此后，方正才有资源开始新一轮投资。这包括2009年正式投产的方正微电子芯片厂近18亿元的投资、2008年底破土动工的西南合成水土新厂20多亿元的投资，也包括2008年投资逾40亿元北大国际医院的正式上马。
资产膨胀
方正的净资产中，45%来自利润贡献；20%来自并购的贡献；20%多来自资产增值的影响。利润有一半左右依赖一次性非经营性收入
2007年以来，方正集团的收入与资产规模大幅提高。
“方正终于不会垮了。”2008年2月，李友在集团年会上说。
总体来看，方正近年来快速的资产升值，主要是因在重建产业架构、低成本并购中伴随的资源增值——牌照、土地、包括“小非”在内的股权投资等。李友分析，方正的净资产中，45%来自利润贡献；20%左右来自并购的贡献；20%多来自资产增值。而利润有一半左右依赖一次性非经营性收入。如2007年方正证券因泰阳证券债务重组利得7.8亿元；2008年转让了泰阳证券的部分股权，获得投资收益19.63亿元。
2003年，方正5000万元收购苏钢、3亿收购西南合成、4亿收购武汉正信。在当时资金紧张的情况下，方正如何完成了多项收购和再投资？
“我刚来的时候，方正的账上只有200万元，却有32亿元的负债，资产负债率超过95%。”李友回忆2003年6月刚到集团时的情景。但前述几项收购实际出资并不大，且多以增资扩股方式收购目标公司的母公司以达成控股，资金可回流集团，统一调配。
“那几年苏钢贡献了25亿元现金流，比现在的100亿元都管用。”李友称。2006年后，苏钢才投资15亿元重启特钢生产线。西南合成亦在原财务基础上自我整合，无论是技改还是新厂房建设，均不依靠方正集团投入。武汉正信则主要是打官司保全资产，一度脱离方正，后又回归北大资源下属管理，直到2007年后开始有收益流入。
改制后的方正集团，致力从财务、人事、品牌、投资、内控方面建立垂直型的管理制度，内部称“五统一”。其中，财务和资金管理统一是核心。集团总部内设资金中心，独立于财务部，所有子公司现金流都放在同一平台上使用，资金利用最大化。
自2005年到2007年，资金中心实行集团内资金统贷统还，循环使用。“对集团来说，资金运作是一盘棋。”当时负责资金中心的余丽说。除大宗交易业务外，方正集团目前的资金年度进出在2000亿元左右。方正的负债率一直保持在65%以下，流动比率1.34。至2009年末，方正集团负债212.09亿元，年度财务费用约10亿元。
在2003年至2006年间，方正曾大量使用票据进行短期资金周转。李友未披露当年票据融资的具体规模，他称：“票据融资现在仅占集团融资总额的20%左右，因为票据期限只有六个月，且现在贴现率高达15%。但票据相对灵活，不能全放弃。”
2010年2月18日，方正集团的财务公司开业，增资后资本金为20亿元，资金中心的作用相应转弱，并调整了以往可能与公司治理原则不符的做法。加之五大集团成立独立法人，集团的资金中心逐渐退回到负债战略和合规性的监控，职责转为安排下属企业的负债结构，细到负债的银行、区域、品种等。
和国资委考核央企类似，年净资产收益率不低于6%，是北大对校企考核的最低指标，高管年薪的60%与此挂钩。2003年-2005年，方正净资产收益率均不到9%，2006年达到9.95%。2007年净资产收益率达到峰值约20%，之后几年维持在10%左右。集团董事、总裁张兆东认为，三年到五年后，等集团的战略布局调整到位，方正主业的盈利实力才能充分体现。
清账
李友清理自己的过往，但尚未完全理清
李友并不讳言，投身方正，是自己结束江湖的草莽时代，复归体制的自我选择，“就是不想再干个体户了”。这条路并非坦途。
方正董事长魏新、几朝元老张兆东、肖建国、张旋龙等均强调，对李友的要求是“净身入户”，即外面不能有自己的公司，但给他一段时间处理相关公司的股权。
清账在2007年完成，时间则推算到2001年6月30日。李友为此专门向董事会列表报告清理的情况。其间不少公司直接纳入方正系统，如河南心智更名为河南方正，东方时代持有的浙江国投、浙江证券的股权亦直接并入方正。“我个人没有任何外围公司。我个人和亲属，也决不和方正做生意。”李友说。
对于管理团队和方正之间是否存在输送利益的关联交易，外界持怀疑态度。2011年2月，方正以5亿元收购中国高科24.37%的股份时，质疑更加发酵。
中国高科是李友进入方正科技前担任总裁的一家上市公司，股东是包括北京大学在内的36家中国高校。在进入方正集团之前，李友将原东方时代所持中国高科股份转让给了康隆公司，这是一家由李友团队中如方中华、余丽、冯七评等高管的亲友持股的私人公司，但李友及其亲属不在其中持有股份。
“当时我已经决定先行来方正，但一帮哥们本来是冲着我来，大多放弃了原来在国企的职位，对‘被招安’的看法也不一。我就把自己在高科的股份分给了他们。”李友如此解释。
从法律上看，中国高科和方正集团不存在股权关系，在2005年后，其董事、监事、高管和方正不关联。但中国高科从业务到管理模式，多年来游离于方正集团周围，有着千丝万缕的联系。
