哈佛大学公共卫生学院教授萧庆伦撰文称：“如果那种情况不幸发生，那我们将只能是有心抗疫，无力回天了。”在他看来，流行病最容易在农村流行和爆发，因为中国流动人口多，而且农村没有基本的医疗保障，农民缺乏基本的防疫常识和手段。
原在北京疾控中心，后调至卫生部政策法规司工作的雷海潮，在《对中国公共卫生体制建设和有关改革的回顾与评析》一文中写道：特别是在农村地区，不少卫生机构解体、人员解散，即使机构存在，农村卫生人员也缺乏必要的专业素质，业务水平不能适应农村公共卫生服务的需要。
学界的共识是，其背后的深层原因是政府长期投入不足。
从全国卫生总费用来看，1980～1995的16年间，政府用于公共卫生的经费虽有增长，但占卫生总费用的比重却从12.41%跌至10.56%。
同时，上世纪80年代以来，政府拨款占公共卫生机构总收入的比例也逐渐下降。据全国卫生部门的决算统计，1990年以来，政府预算拨款占防治防疫机构的收入比例从59%下滑至2002年的42%。妇幼保健机构中的这一比例从56%下降到27%，幅度更为明显。
1980年以前，乡镇卫生院提供预防保健服务的所有经费均有政府经费补偿，但到了1993年，政府经费只能补偿人员工资支出的60%。乡镇卫生院和村卫生室的生存出现困难，机构和人员极不稳定。仅2001年，全国乡镇卫生院就比上年减少了1139个，乡村医生和卫生员减少了3万人。
更严重的是，公共卫生机构不得不谋求“开源节流”。“开源”就是创收，比如对必须提供的服务从免费改为收费，如计划免疫等；“节流”就是缩减原来免费提供的公共卫生服务项目，如疾病监测、健康教育等。
萧庆伦对此评论说：“20多年来中国整个疾病预防体系，特别是农村的疾病预防体系逐渐崩溃。没有人乐意和专心做卫生和疾病监督；很少对保健、卫生人员进行专业培训；流行病发生多少、程度如何、如何上报、如何应对，这些机制已经完全缺失了。”
缺少经费、缺少机构、缺少人员、缺少保障——非典型性肺炎呈现出的中国公共卫生现状令人心惊肉跳。
从脆弱的公共卫生体系纵深看去，中国医疗卫生事业的发展路径引起社会广泛关注。于是，公众“看病难、看病贵”的呼声开始响亮，“小病拖、大病扛”、“一人得病，几代受穷”等民谚迅速流传。
卫生体制罹患“美国病”
在实行计划经济的上世纪六七十年代，中国农村依靠赤脚医生、农村合作医疗和农村医疗卫生预防保健网这“三大法宝”，向农民提供最基本的公共卫生保障，其成就被世界卫生组织和世界银行誉为“以最少投入获得了最大健康收益”的“中国模式”。
在改革开放启程的1978年，中国的GDP仅为3000多亿元。在非典型性肺炎肆虐之时，中国的GDP已突破10万亿人民币。收入增加了，维护健康却难了、贵了。在香港中文大学王绍光教授看来，这是因为中国的医疗卫生体制似乎患上了“美国病”：医疗费大幅攀升、医疗服务非常不公平，医疗资源利用效率低下、人们的健康指标停滞不前甚至恶化。
王绍光在非典型性肺炎爆发后撰写的《中国公共卫生的危机与转机》一文，竟一时洛阳纸贵。
公众纷纷反思中国医疗卫生体制改革，矛头指向之一，即改革开放以来政府部门对卫生事业“产业化”、“市场化”的改革倾向。
事实上，学界至今仍未能对“市场化”、“产业化”的概念界定取得共识。比较一致的看法是，政府自身的筹资职能必须强化，主导作用需要加强。
从医疗保障制度来看，据卫生部2004年公布的第三次国家卫生服务调查主要结果，城市没有任何医疗保险的人口占44.8%，农村没有任何医疗保险的人口为79.1%，这部分人群没有任何医疗保障制度为其抵御疾病造成的经济风险。
从公众诟病最多的大型公立医院来看，政府拨付的经费亦不足支撑医院的运转。上海第二医科大学附属仁济医院院长范关荣2005年在接受本刊记者采访时直言，仁济医院2004年的总收入是9亿多，其中政府补贴只占支出数的3.5%。
据本刊记者了解，公立医院为了应对外资医院、同级别公立医院等的竞争，竞相大兴基础设施建设以改善就医环境、大量购买高新设备以吸引患者等，这些钱往往出自贷款，为了还贷，不得不提高医生的业务指标，把医生的个体收入和医院的业务收入挂钩，导致医生在诊疗中自觉不自觉地从经济利益出发，大处方、大检查的情况普遍。
哈尔滨医科大学卫生管理学院教授杜乐勋作过一个比较：1986年中国各级政府财政卫生拨款122.23亿元，占当年中国卫生总费用315亿元的38.69%，2003年，中国卫生总费用6584.10亿元，假设按照1986年的投入比例，政府财政拨款当是2547.38亿元，实际上，2003年政府仅仅拨付款项1116.94亿元。
“换言之，卫生部门为政府节省了1430.44亿元。卫生部门的钱从何处来？就是‘不给钱给政策’从病人那里收来的。细算下来，人均约110元，占当年人均卫生费用509.50元的21.61%，看病哪能不贵？”杜乐勋说。
“不给钱给政策”的大气候是怎样形成的呢？
杜乐勋说，十年动乱后，中国卫生机构损失很大，职工群众的积极性低落，卫生服务的供给严重缺乏。医疗服务价格低下，医院赔本经营，越办越穷，靠吃国有资产的老本维持生存。群众就医的需求大大超过医疗服务的供给，看病难、住院难、手术难的矛盾十分尖锐。当时，卫生部门面临的主要问题，是怎样才能够使需要治疗疾病的群众“有医有药、能防能治”。
