实施方案对公立医院明确了“政府负责基本建设和大型设备购置、重点学科发展、符合国家规定的离退休人员费用和政策性亏损补偿等，对公立医院承担的公共卫生任务给予专项补助，保障政府指定的紧急救治、援外、支农、支边等公共服务经费，对中医医院(民族医院)、传染病医院、妇产医院和儿童医院等在投入政策上予以倾斜”的政策，同时强调“逐步将公立医院补偿由服务收费、药品加成收入和财政补助三个渠道改为服务收费和财政补助两个渠道”。
在财政补偿不足的情况下，医院靠药品批零差价和大型设备收费来补偿，逐步取消药品加成之后，这部分缺口如何弥补，成为公立医院改革的难点。
如果通过收取药事服务费来加以弥补，是否会按下葫芦起了瓢，无助于缓解“看病贵”问题？在医药企业的回扣没有杜绝的情况下，医生会不会继续开大处方？如果政府由增加投入来补，又需要投入多少？
对实施方案中三年投入8500亿元的表述，顾昕算了算账，对其中可以对公立综合医院增加多少投入并不乐观。
根据《中国卫生统计年鉴》中给出的数据，药品收入是公立医院最主要的收入来源之一，2007年公立医院的药品收入为2023.47亿元，占公立医院总收入的41.28%。
3年投入8500亿元，平均每年为2833.33亿元。按照实施方案，这笔钱需要用于：
——新农合与城镇居民医保的政府补贴。按照覆盖率90%计算，城乡基本医疗保障体系的参保者人数在10亿左右，在未来3年，政府最低补贴水平要提高到年人均120元，因此年支出至少为1200亿元。
——城乡医疗救助体系。根据2007年城镇低保受益者和农村低保和传统救济受益者的数量，以及医疗救助支出的总额，顾昕预计，未来3年内，上述三项加起来的政府开支，每年平均至少需要100亿元。
再加上医改明确的国民新增年人均15元的公共卫生费。按2007年人口总数13.2亿计，约为200亿元。
“这样，还剩下大约1300亿元，可以投入到各种医疗卫生机构之中，投入的方向重点应该是农村，今年全国卫生工作会议明确了3年支持2000所县医院建设，完成2.9万所乡镇卫生院建设的任务。”顾昕说。
这样，最终投入到公立医院，尤其是大医院的应该不会多，这些投入，“对公立综合医院来说，固然是不无助益，但并不能对其收入结构产生实质性的改变”。
而如果采取收取药事服务费的方式，以定额处方费来计算，假定一个处方20元，2007年各地政府办医疗机构的门急诊人次为13亿，总额也仅为260亿元。
“我们应客观地看到，财政对卫生的投入从根本上是受经济发展水平和财政收支状况制约的。”刘军民表示。
事实上，对全国22000多家公立医院，政府也不可能增加投入全部管起来。
既然财政资金捉襟见肘，为什么不能吸收民间资金进入医疗行业呢？今年两会期间，民营医院的代表委员呼吁给民营医院与公立医院同等的待遇。
此次医改对这一问题作出回应，提出加快形成多元办医格局，积极稳妥地把部分公立医院转制为民营医疗机构，鼓励民营资本举办非营利性医院；民营医院在医保定点、科研立项、职称评定和继续教育等方面，与公立医院享受同等待遇；对其在服务准入、监督管理等方面一视同仁；落实非营利性医院税收优惠政策，完善营利性医院税收政策。
在此之前，民营医院除了在“医保定点医院资格”上受排挤外，还需要交纳5.45%的营业税以及33.3%的所得税，而公立医院是免税的。由此导致的民营医院的状况是，目前大部分是50到100张床位的专科医院，或者社区医院，环境、设备、技术都逊于公立医院。
多位受访人士认为，如果不能形成竞争，就无法保证公立医院在更多地获得国家公共财政的补贴后，不再咬着原来的市场化福利创收不放。
运行机制的改革更重要
“财政投入只是医改所需资金的来源渠道之一，财政投入效果如何还取决于医疗卫生体制机制改革能否顺利推进。因此，不能寄希望于仅靠增加财政投入，来解决医疗卫生领域存在的所有问题。”刘军民认为。
但是，在李玲看来，“不仅是投入不足，而且公共财政的定位在哪里根本没有明确。这是个更大的问题。我们现在医药很多扭曲行为就是由此而造成的”。
李玲说，我国未来发展什么样的医疗卫生制度模式，这一长远目标在医改方案中还没有明确，因而公立医院的规模、资源布局和职能如何确定，政府对公立医院补贴的规模、方式如何确定，医保和卫生的行政管理体制如何理顺等重大的问题也没有明确，这需要更进一步的试点、探索。
李玲认为，公立医院的公益性不是自动体现的，要政府给他目标。政府办公立医院就是为了保证老百姓的健康，公立医院的目的就是实现社会目标的最大化。根据这个定位，政府给它投入，促使他实现这个目标。同时，在这个投入机制下，要有很好的监督管理机制，尤其是财务管理。绝对不能像现在这样挣多少就花多少，就买多少设备，就干一切想干的事情。在增加财政投入的同时，关键是要把管理机制、运行机制理顺。
“增加政府投入只是解决问题的一个方面。”刘军民强调，更为关键的还在于切实转变卫生体制机制，以投入保证和促进改革，最大程度地降低体制运行中的效率漏损和消除某些群体的不当甚至是非法的谋利，最终真正让群众得到实惠。
