当前两岸的主权争议与政治定位问题
自1949年以来，两岸关系的核心问题与最大的难点，无需赘述，即是所谓“一个中国”的主权争议，也就是两岸关系的政治定位问题。以务实的观点而言，“九二共识”是目前两岸面对两岸关系中最关键的政治问题─“一个中国”原则，以各自表述的方式处理。其精神在于正视现实、求同存异，相互尊重对方的基本立场，也就是在两岸间寻求一个最大公约数。
依据当时台方的表述内容，其要旨就是认同“一个中国原则”，但是对“一个中国”的认知有不同。当时面对这么敏感的政治问题，采取前所未见的做法，各让一步（agree to disagree），确实不易。
马英九在2013年的双十国庆文告中，关于两岸关系提出了关键的两句话：一是两岸人民同属中华民族，二是两岸关系不是国际关系。
台湾统派群众游行
两岸政治关系合情合理安排：“全体中国、两宪分治”
各界皆认为，在谋划两岸政治关系合情合理的安排方面，应该勇于打破既有思考方式，进行理论创新。是以，两岸皆属“全体中国”，在统一前的政治关系，可视为所谓“全体中国”内部两个政府之间的特殊关系。
马英九2016年将卸任，在接下来的一年多，他会如何推动两岸关系发展，岛内议论纷纷。台湾知名统派学者、世新大学教授王晓波日前接受记者专访，对马英九未兑现签“两岸和平协议”的竞选政见表示失望。
王晓波首先肯定了马英九上任后的两岸政策，他表示，陈水扁执政期间，屡屡提出冲撞大陆底线的政策，引发大陆很多鹰派纷纷“喊打”。
当时大陆首任海协会会长汪道涵说，如果能争取一年的和平时间，就能争取一年的建设时间，我们就能充实一份实力，也能增加一份两岸和平统一的希望。王晓波称，马英九上任后，就是为两岸争取了至少8年的和平建设时间。
马英九2016年将卸任
王晓波认为，马英九唯一没有做到的就是签署“两岸和平协议”，“任内也没有签署的可能性”，马英九给出的理由是台湾内部没有共识。“和平协议是马英九2008年第一次竞选总统时的政见”。
晓波回忆说，马英九2012年寻求连任时，在2011年10月提出的“黄金十年”愿景中也包含“两岸和平协议”，但加了“国家需要、民意支持和国会监督”三顶帽子，“当时马英九的民意支持度达到58%，比他第一次当选时的得票率还高”。
王晓波表示，站在白宫的立场上，两岸一旦签署和平协议，台湾事实上已不需要美国保护，“美国就失去了在东方的一个保护方”，这才是美国真正阻碍台湾签“两岸和平协议”的真正理由。马英九虽然没讲他收回“两岸和平协议”的理由，“但我们必须清楚”。
“‘两岸和平协议’的前提不用讲也知道，就是一个中国原则，中国的领土和主权完整”，王晓波称，他曾当面对马英九直言，如果马英九不签“两岸和平协议”，那他就是历史罪人。两岸实现三通以及维持和平态势以来，民众逐渐融合，两岸民心越来越近。实现两岸终极统一已成为不可逆转的大势！
