事件发生后不久，时任台湾地区领导人的李登辉发表两国论，美方拒绝台湾的论述并强力重申一中原则，美国政府对此的反应被认为起到了缓和对中国政府的紧张关系的作用。
中美两国关系到1999年底开始逐渐恢复，北约对死伤的受难者进行了经济赔偿。时任美国总统比尔·克林顿亲自为此事件道歉，并对中国被损坏的馆舍赔偿。1999年北约炸毁中国驻南斯拉夫大使馆时，曾在克林顿政府担任国家情报官，负责东亚事务的傅高义，以“前中情局官员”身份直指中情局对外宣称因地图定位错误而“误炸”中国使馆的说法并非事实，引起美方高度紧张。傅高义不认为此事有人故意，更不可能是政策性决定。此事应该是一连串失误造成的惨剧。中国驻南联盟大使馆后移至乌日策街25号大院。
中国驻塞尔维亚大使馆代办卢山在纪念牌前整理花束
相关契约工被谋杀案
2009年3月29日清晨，一位退休中情局（CIA）契约工班尼特（William Bennett）在其家附近被打死，妻子被打成重伤，美国联邦调查局也介入调查。美国媒体报导，被害者在十年前是参与CIA轰炸计划的契约工。
塞尔维亚劳动、就业、退伍军人和社会问题部国务秘书斯坦科维奇（Negovan Stankovic）向烈士敬献花圈
中国媒体对谋杀案进行了广泛的报导，并且怀疑被害者是被中情局杀人灭口。中情局发表声明说，没有证据表明班尼特被谋杀与他在中情局的工作有任何牵连。
本案三名嫌犯已经被捕。检察官表示，预计几个月内会起诉本案主嫌犯Anthony R. Roberts。Roberts因另一抢劫罪正被收押。两名从犯Jaime Ayala与Darwin G. Bowman已经认罪，分别被判无期徒刑与43年。两名从犯将作证指控主嫌犯Roberts。
