郑舜功回国后把考察的日本国民风俗、自己所经历的事情写成名为《日本一鉴》(1555年)的书籍，共计九卷，包括“万里长歌”、“沧海津镜”和“天使纪程”三部分，其中关于台湾、琉球及钓鱼列岛的重要记载，成为后世研究明朝嘉靖年间中、日、琉球以及中国台湾的第一手资料。
书中“万里长歌”中明确记载了钓鱼岛属于台湾附属岛屿：“取小东岛之鸡笼山，约至十更，取钓鱼屿。自梅花渡澎湖，之小东，至琉球，到日本，为昔陈给事中出使琉球时从其从人得此方程也。而澎湖岛在泉海中，相去回头百六十里。”其中所谓“小东”指的是当时对台湾岛的称谓，明确了台湾、澎湖以及钓鱼岛为中国所有。书中还尤其强调了钓鱼岛所属台湾岛：“钓鱼屿，小东小屿也”，即钓鱼岛是台湾的附属岛屿。之所以在这里重点强调了钓鱼岛的所属与位置，是与当时抗倭背景分不开的。那时，戚继光抗倭曾以钓鱼岛为战略防线遏制倭寇入侵。自此以后，钓鱼岛成为中国大陆抵抗倭寇入侵和海盗骚扰的重要前沿阵地。
不论是明代郑若曾绘制的“万里海疆图”，以及他与浙江提督胡宗宪共同编纂的《筹海图编》，还是后来茅元仪绘制出版的中国海防图《武备志·海防二·福建沿海山沙图》和乾隆皇帝钦命绘制之《坤舆全图》等，都标明了“钓鱼屿”、“黄尾山”和“赤屿”为中国领土，并加以重点防御。
明朝陈侃的《使琉球录》（1534年）是现存最早记载中国与琉球海上疆界的中国官方文献。
清代时期成为著名海航地标
清代以后，钓鱼岛已成为著名的海航地标，成为众所周知的中国领土，中国与琉球的界线在钓鱼岛的赤尾屿南面海槽一带，已成为世界航海领域的常识。康熙二十二年，册封史汪楫赴琉球时写下《使琉球杂录》。该书记载了他途经钓鱼岛、赤尾屿后为避海难祭祀时船上人告诉他船所经过的冲绳海槽就是“中外之界也”。嘉庆五年，册封琉球使李鼎元在出使琉球国时，路过赤尾屿，在其所撰《使琉球记》中详细记载了赤尾屿的形状：“赤尾屿，屿方而赤，东西凸而中凹，凹中又有一峰。”这说明当时赤尾屿早已被我国航海家发现并识别。随后在同治二年的时候，胡林翼、严树森等编绘了《皇朝一统舆图》，其上用中文地名标出了钓鱼屿、黄尾屿、赤尾屿等岛。
