从明代开始，钓鱼岛名称开始确定下来，该岛因成为大陆与琉球交通的必经之路而成为明代古籍重点记录对象。据《明史》记载，朱元璋为册封琉球国国王而遣使入海，在日后长达数百年的时光中，琉球使者和中国朝廷册封使往来大陆的必经之路就是这个“钓鱼屿”。
1403年明代出版的《顺风相送》一书原本被保留在英国牛津大学的图书馆中，该书是记载中国元明两朝航海的指南。在该书中重点提到，“钓鱼屿”是大陆通向琉球的必经之路，有着地标性的作用。明嘉靖十三年，明世宗命吏科左给事中陈侃为正使，行人司行人高澄为副使出使琉球国，该团由琉球使团陪行。归国后的当年，陈侃为向皇上说明旅途见闻而撰写了《使琉球录》(1534年)一书，书中记载了途经钓鱼岛的情形：“五月朔，予等至六石大舟。亦始，至二日，祭海登舟。九日，隐隐见一小山，乃小琉球也。十日，南风甚迅，舟行如飞……过平嘉山(彭佳屿)，过钓鱼屿，过黄毛屿，过赤屿，目不暇接，一昼夜兼三日之路。十一日夕，见古米山，乃属琉球者。夷人歌舞于舟，喜达于家。”
一部从古书摊上淘出来的清代抄本，成为佐证钓鱼岛列屿为中国固有领土的重要历史文物。图为清人钱泳所抄录的《册封琉球国记略》原件及书影照片。
这段话表明两个意思，第一，钓鱼岛是途经琉球的必经之路，早已为我国海图所标记；第二，钓鱼岛属于中国领土，因为“夷人”在过了钓鱼岛，“一昼夜兼三日路”，看到“古米山”后，才开始因为快到家而高兴起来。由此可见，钓鱼屿、黄毛屿(黄尾屿)、赤屿(赤尾屿)自古以来就不属于琉球管辖。
戚继光曾以钓鱼岛为战略防线在明嘉靖三十四年，因为倭寇频繁袭扰我海防一事，明世宗命时任兵部尚书杨博，负责派遣使者移谕日本国王，命其管束倭人，释放掠虏的中国国民。杨博派出去的使者的名字叫郑舜功，这是我国首次向日本正式派遣的“问责使”。
