秋瑾也曾经用过“碧城”这一号，京中人士都以为吕碧城的诗文都是出自秋瑾之手，两人相见之后，秋瑾“慨然取消其号”，原因是吕碧城已经名声大著，“碧城”一号从此应当为吕碧城专用。交谈中，秋瑾劝吕碧城同去日本，投身革命运动。吕碧城答应用“文字之役”，与秋瑾遥相呼应。
此后不久吕碧城在《大公报》上发表的《兴女权贵有坚韧之志》、《教育为立国之本》两篇文章，都在不同程度上表现出秋瑾的影响。1907年春，秋瑾主编的《中国女报》在上海创刊，其发刊词即出于吕碧城之手。
1907年7月15日，秋瑾在绍兴遇难。吕碧城用英文写了《革命女侠秋瑾传》，发表在美国纽约、芝加哥等地的报纸上，引起颇大反响。吕碧城与秋瑾的交往也引起了官方注意，以致当时的直隶总督袁世凯一度起了逮捕吕碧城的念头。只是介于找不到更多的借口，才没有实行。
除了在《大公报》积极宣扬女权， 作妇女解放思想的先行者，在办女学的实践上，吕碧城积极筹办北洋女子公学。首先，吕碧城发表多篇言论以作舆论宣传，宣扬兴办女学的必要性和重要性。她把兴女学提到关系国家兴亡的高度，以此冲击积淀千年的“女子无才便是德”的陈腐观念。
反过来说，女权运动的兴起，恰恰证明了社会上男女观念的不平等，“欲使平等自由，得与男子同趋于文明教化之途，同习有用之学，同具强毅之气。”吕碧城认为办女学开女智、兴女权才是国家自强之道的根本。
为了实践自己的理论，吕碧城积极筹办女学，英敛之介绍她认识严复、严范孙、傅增湘等津门名流，以求支持和帮助。在天津道尹唐绍仪等官吏的拨款赞助下，1904年9月，“北洋女子公学”成立，吕任总教习。
两年后，“北洋女子公学”改名“北洋女子师范学堂”，年仅23岁的吕碧城任监督(相当于今天的“校长”)，为我国女性任此高级职务的第一人。
吕碧城在这所当时女子的最高学府，从教习提任到学校的监督，一呆就是七、八年。她把中国的传统美德与西方的民主、自由思想结合起来，把中国的传统学问与西方的自然科学知识结合起来，使北洋女子公学成为中国现代女性文明的发源地之一。她希望她所培养的学生将来也能致力于教育和培养下一代，为一个文明社会的到来尽各自的力量。周恩来的夫人邓颖超曾经在这里亲聆吕碧城授课。
