袁崇焕上任伊始，首先对付的竟然是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事情，隐约透露出这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉“攘外必先安内”的信条。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是“不可用”，既然不可用，那么就要杀之。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋，可惜，这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，主动给他送上一大批军饷。紧接着，袁崇焕以阅兵为名，于崇祯二年六月深入皮岛。对此，毛文龙全然不备。当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁当即煽动—我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸。你们受我一拜吧。毛文龙手下将领对袁崇焕的一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大抵如此。就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪，然而真正沾得上边的不过两三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况，真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了。过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。
毛文龙当天即在帐前遭斩首，死在他苦心经营了10年的皮岛上。毛的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。
虽然此前崇祯赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕竟然在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名朝廷和崇祯均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅“官”命。
然而，崇祯也有他的苦衷：他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么，追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。也就是说，当崇祯迫不得已下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路。
