应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷包括对政事一向不感兴趣的天启都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：“建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处着手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。”也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
但坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了，朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙也的确由于久镇一方而变得骄横不法：其一，他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军—军中担任要职的，大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛；
其二，他虚报兵额20万，其实不到5万，其他十几万人的军饷，大多落入他的私囊；
其三，他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙之前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：“可用则用之，不可用则杀之。”不难看出，驱使他这样做的并不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员，如此草率地加以杀戮，袁崇焕何其失策。果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是使毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
