1929年11月，白崇禧借广西局势混乱之机，随李宗仁重返广西，并出任护党救国军前敌总指挥一职，中原大战爆发后白又改任第一方面军总参谋长。
虽然白所制订的作战计划在战事一开始就打得湘军节节败退，但是桂军并没能将湘军击垮。之后粤军入湘侧击桂军，这就使桂军更难打开局面了。撤退，只能是唯一的选择。但是白崇禧在这个时候却一反常态地坚持集中兵力，要在衡阳与粤军决战。
这一提案虽然得到了李宗仁的支持，但并不符合现实，甚至有不少白的拥护者也反对。即便如此，决战还是打了，结果，自然是败了，败得很惨。
这就直接促使了黄绍竑的退出，但却使白崇禧上了位，成了二号人物。
白崇禧适时抓住了各路军阀不愿与桂军决战的想法，坚决主张抵抗，使新桂系避免了灭顶之灾，这使他个人的威望达到一个新的高度。
两广合作后，李宗仁常驻广州，将桂军的指挥权下放给白，白就借这个机会排斥异己，并利用自己兼任广西军校校长的指挥大力培植亲信，
使他在不到两年的时间内，把桂军整成了支“白家军”。
那么要不要取代李宗仁成为新桂系的最高领导人呢?白崇禧没有这么做，因为他心里明白，自己不擅长于政治，
与其争着成为政治领袖，不如借着李的威望专心发展军队，由此开始了李、白合作的蜜月期。需要指出的是，上世纪三十年代中国军人对战争的理解，
大部分仍停留在一战时期的阵地战模式中，这使国军在抗战之初，不能适应新的战争模式，导致大量伤亡。白崇禧对于桂军的训练同样如此，
导致桂军在投入到上海战场时接连发起无谓的密集冲锋，遭日军重创。桂军在淞沪会战中不仅损失了大量优秀军官(旅长三名，团长四名)，
也使其精锐尽丧，很长一段都没恢复元气。好在白崇禧经过这次教训改变了战争观，根据国军的实际情况提出了新的游击战术，并主张“积小胜为大胜”，
在很大程度上改变了之后的作战模式。
抗战的爆发，使新桂系重新归属到蒋介石麾下，白崇禧也被调到中央效力，先后出任大本营副参谋总长和军训部部长等要职。
八年抗战，白指挥过两次较大的作战，一次是代理第五战区司令长官，调动大别山地区的桂军积极出击，策应武汉守军。
国军抗战
另一次是指挥桂南会战，昆仑关的大捷，白也起到不小的作用。但是这两次会战，都以失败告终，尤其是桂南会战的失利，白负有不可推卸的责任。
战后，他受到了降级处分。有人说台儿庄大捷白崇禧也有出力，这或许确有其事，但需要指出的是，台儿庄战役只是徐州会战的一个组成部分，而徐州会战的结果，同样是失败了。
