乾隆帝执政初期奉行宽仁，深获官僚们的拥护，但当他发现官僚们贪腐、渎职依旧，认为“一味姑息纵舍，则失之懦弱”，因此失望之余又改为严厉。他先后清除了朝中的朋党，诛杀多名高官显贵。乾隆帝“亲揽庶务，大权在握，威福之柄，皆不下移”，虽然对官僚严厉，却对普通民众广施仁政，前后五次普免全国钱粮，其力度要远大于康熙时期。乾隆朝的经济、耕地、粮食产量、人口与国力均达到了清朝的极盛时期，并且也是中国历史上空前的高峰。
自古罕有之奇功：西域新疆纳入版图
征服准噶尔后，回疆问题又浮现出来。回疆即天山以南地区，以前为叶尔羌汗国，后被准噶尔灭亡。当地民众信奉伊斯兰教，此时由政教合一的领袖大和卓布拉呢敦、小和卓霍集占兄弟统治，他们不愿意臣服清朝，于乾隆二十二年杀死了清朝的使者副都统阿敏道。第二年，清军平定准噶尔后即南下征讨回疆。清军在托和鼐大败霍集占军，并将其余部800人包围在库车，本来形势一片大好，但将军雅尔哈善“遇事高居简出，对敌则藉称凭高了望，并不亲身督战”，且指挥能力低下，竟让霍集占突围而出。
乾隆帝下令将雅尔哈善押解京城正法。在乾隆帝的催促下，平定准噶尔的大功臣兆惠仅率4000军队于乾隆二十三年十月孤军深入抵达叶尔羌城，结果身陷重围于黑水营，总兵高天喜、原任前锋统领侍卫鄂实(鄂尔泰之子)、原任副都统三格、侍卫特通额(原定西将军策楞之子)战死，兆惠面部、腿部受伤，坐骑两次被击毙。兆惠告急的文书抵达了乾隆帝的案头，自责轻敌妄进，乾隆帝则主动承担了责任，认为“向来之轻视逆回，乃朕之误，又何忍以妄进轻敌，为兆惠之责乎”，并晋封兆惠为武毅谋勇一等公，加赏红宝石帽顶，四团龙补服《高宗纯皇帝实录》卷578、576。。
此时战争的焦点转变为解黑水营之围。乾隆帝任命富德为定边右副将军，阿里衮、爱隆阿、福禄、舒赫德为参赞大臣，他下令“无论何队兵丁”，只要马匹还有力气，就要迅速前往救援，而其他目标则完全放弃，“惟应援兆惠为要”。
救援令下达，各路清军纷纷奔向黑水营。靖逆将军纳木扎勒、参赞大臣三泰为了抓紧时间，只率领200余名士兵星夜前去解围，结果途遇3000敌军，寡不敌众战死。乾隆帝认为这种“不肯于中途退避自全，惟知直前冲击，以致效命捐躯”的“忠毅之气，深可嘉悯”，封纳木扎勒公爵、三泰子爵，均世袭罔替《高宗纯皇帝实录》卷575。。
富德率军于乾隆二十四年正月在呼尔璊与霍集占的5000骑兵相遇，奋战四天后因马匹长途跋涉疲乏，不能尽歼敌军；当天夜里正好遇上参赞阿里衮送马匹到达，清军分为两翼包抄进攻，总共激战五日四夜，斩杀千余，大和卓布拉呢敦中枪伤，逃回喀什噶尔。黑水营解围后，清军合师后撤回阿克苏，富德因功封为一等成勇伯《高宗纯皇帝实录》卷580、581。。
六月，清军兵分三路再次进攻，兆惠攻取喀什噶尔，富德攻取叶尔羌，巴禄率军由巴尔楚克路与富德会合，得知大、小和卓已向西逃跑，乾隆帝认为“追袭最为紧要，以我马力有余，而逆贼等所携万众，杂以妇女童稚，行走既不能便利，多人亦易生变乱。我兵当恩威并用，或招抚、或离间，中途必自溃散，或有擒献者”。清军穷追不舍，一路追杀到帕米尔高原，俘获一万两千人。霍集占兄弟逃到巴达克山国(中亚古国，位于今阿富汗东北部和塔吉克斯坦东部)，清军随即尾随追至，武力威胁巴达克山国献出大、小和卓；十月，巴达克山国将小和卓首级交出，表示臣服，清军凯旋；四年后，巴达克山国又交出了大和卓布拉呢敦的尸体《高宗纯皇帝实录》卷599、682。。
