1945年8月26日，在驻日美军先头部队登陆日本的前两天，日军最高层获悉731的计划后，给731部队下达了多道措辞严厉的命令：“不得做无谓的牺牲!”“伺机等候未来的时机!”这些指令来自日军总参谋长与副总参谋长。
对于帝国陆军最高层最终叫停731部队疯狂举动的原因，日本学者认为，目的是为了保住日本人自己的性命，避免“绝种”的风险。
这并非耸人听闻。尽管731部队握有细菌武器的部分“解药”，但由于战争已将日本国内的防疫系统和药品生产能力全部摧毁，一旦细菌武器在日本列岛发挥作用，日本民族可能会被毁灭。其次是担心美军的报复。广岛长崎的原子弹已经彻底摧毁了日本军人的意志，如果731部队得手，美军在细菌武器下伤亡惨重的话，不排除美军对日本再度动用原子弹报复的可能性，这同样也会让大和民族“绝种”。
据说，美军登陆日本后，就与石井四郎达成秘密交易：他交出细菌战的研究成果，盟军不追究他的战争罪行。
2005年，美国的一份解密文件显示，“调查731部队活体实验罪行的美国陆军部细菌武器专家费尔博士在对731部队人员进行询问的过程中，获得了无与伦比的珍贵数据”，“获得的情报对于未来美国的细菌武器计划，拥有最大限度的价值”。当时从美陆军情报部门秘密资金中支付了总额15万至20万日元的资金，文件评价说：“太便宜了，一下子获得了需要20年才能获得的实验和研究成果。”
