此外，必须看到的是，濒海战斗舰自身也仍存在诸多问题。
首先，濒海战斗舰的武备较弱，其战斗能力有限，适用于侦察、骚扰、护航，但在高强度的海空战斗中，其自身防护相当脆弱。
濒海战斗舰的排水量在2500吨左右。在世界范围内，此类军舰的标准配备通常都有76毫米以上的大中口径舰炮、防空导弹、反舰导弹等，一些较现代的型号还会设有直升机停机坪。但是，濒海战斗舰在当初设计时即考虑“低成本”和临时改装而来的“多用途”，因此其自身并未配备很强的火力。
以“独立”级为例，其主要武备为一门57毫米舰炮，平时并未装备反舰导弹。其主要防空手段是11联装的“海拉姆”近防导弹，仅有有限的防空和反导能力。尽管理论上可以在临战前加装各种作战模块，但在危急时刻“间不容发”之际，恐怕很难有时间让一线军舰从海上撤回基地，完成改装后再返回前线。
其次，濒海战斗舰在技术上仍存在许多不成熟之处。
在美国海军将首艘濒海战斗舰“自由”号派驻新加坡及太平洋区域服役一年的时间里，该舰曾出现诸多问题，例如在热带海域的腐蚀速度远超预期，一些特定部位的腐蚀甚至危及舰体结构安全。又如，在寒带地区活动时，濒海战斗舰上大量使用的铝合金材料可能会出现韧性下降、强度不足等危险。这一系列技术问题反馈后，后续的“自由”级和“独立”级姊妹舰进行了一定的改进和“修复”，以使其更适合在热带等不同海域执行任务。新入役的“密尔沃基”号就采用了改进版柴油发电机、新的空气压缩机，为了减少海水对船体的腐蚀，某些部位还采用了特殊金属涂料。在经过改进后，该型舰能否经得住实际使用的考验，仍是个未知数。
再有，濒海战斗舰作为“项目”的效费比还存在疑问。
濒海战斗舰设计之初的重要考虑是“低成本”。轻武备、部分采用民船标准、大量采用成熟民船技术等，都是为了降低全舰造价和使用成本。但现在的问题是，濒海战斗舰的造价并不低，其单舰的造价已经从最初的约2亿美元迅速上升至4亿美元左右。在实际使用中还发现，更换各种任务模块的时间成本和财政成本都很高，因此该型舰很难实现当初设想的“一艘舰顶几艘舰用”的想法。2005年，美国海军曾计划建造82艘“濒海战斗舰”，但如今计划数量已经削减至52艘。随着美国军费面临的削减压力日增，“濒海战斗舰”最终能有多少数量，最终能够发挥多大的实际作用，尚存在诸多不确定性。
