机载武器是另外一个难题，因为这涉及到另外一个核心机密，机载武器的发射包线，这个包线是由相应武器的一系列核心数据组成，如发动机的工作时间、制导系统的探测距离、范围、角速度、过载等等，任何国家出口机载导弹都不会提供完整的发射包线，即使美国向英国提供AIM-120都是如此，但是一架飞机想使用一种机载武器，需要把相应的火控程序驻入到任务计算机之中，这样任务计算机才能根据探测系统获得的数据进行发射包线的计算，然后才能发射武器。
苏-35S还要解决发射PL-15和PL-10导弹的问题
俄罗斯苏-35战机
目前中国空军已经开始使用新一代机载武器包括PL-15双脉冲固体火箭发动机中距空空导弹、PL-10红外成像制导空空导弹，作为中国空军的主战武器，这两种导弹的发射包线显然是中国空军的核心机密，绝不会向外透露，而苏-35S的任务计算机-SOLO-35作为机载航空电子系统的核心设备，负责全机设备的管理和控制，俄罗斯恐怕也不会把它的核心参数提供给中方，所以苏-35S在引进之初可能会继续采用R-77E空空导弹和R-73E近距空空导弹，中国空军也在大量使用这两种导弹，然后可能会根据情况对SOLO-35进行破解，以便使用PL-15和PL-10这两种导弹。
俄罗斯苏-35战机
空地武器除了需要在任务计算机机驻入程序之外，还要考虑到对于飞机飞行性能的影响，尤其是那些体积和重量较大的空地武器，如国产隐身防区外弹药布撒器、1000公斤激光制导炸弹、KD-88红外成像空地导弹等，此前曾经有消息说中国空军要求引进的苏-35S在外挂武器有所调整，可能就是为了挂载较大的空地武器，以倒更好的发挥苏-35S的多用途能力。
在地面保障系统之中，苏-35S采有任务规划系统，飞机在执行任务之前，将相关数据输入到任务规划系统之中，生成相关程序，然后输入到机载任务计算机之中，中国空军也配备有这样的系统，如何实现两者信息交换也需要进行攻关加以解决。还有一些更深次的升级可能要等于2020年以后的大修之际才能进行了，例如用国产有源相控阵雷达替代现有的无源相控阵雷达，以提高战斗机的探测能力，在电子战系统之中增加国产拖曳诱饵等等。
