1994年初，巴空军接受了中方建议。1995年1月双方签订相关意向协议。1998年中巴签订联合研制和生产新型歼击机的政府间协议，正式规定其在中国的代号为FC-1。“FC”是“Fighter China”(中国战斗机)的缩写，表明它是中国自主研制的第一种歼击机。1999年6月中巴双方签订“硬合同”。但是随后再次遭受打击，印巴卡吉尔冲突致使巴基斯坦再次遭到西方制裁，使一系列潜在的欧洲先进航电设备供应商无法继续参与该项目，其中包括法国萨基姆通信公司和汤姆逊公司，以及英国BAE系统公司。
俄媒称，中巴坚持克服一切困难，无论如何都努力继续推进FC-1项目。在困难局面下，主要依靠自身努力，制造国产飞机，用较长时间进行飞机试验。如果巴基斯坦继续坐等符合自己要求的西方现代化机载设备恢复供应，可能会对飞机研制进程造成较大延误，因此2003年1月中巴签订了为首批FC-1试验样品机配备中国自主生产的机载设研制的简化版配置合同。
与此同时，中国成飞继续全速生产首批FC-1歼击机验证机，其动力装置选择俄罗斯研制的带加力燃烧室的RD-93双路式涡喷发动机，它是米格-29歼击机采用的量产型RD-33发动机的改进型号，适宜单发战机使用。RD-93改型发动机与RD-33基础型号不同，它使用低位配置的传动匣、新型机身紧固件和改进型控制系统，但在其他方面的重要参数保持不变，比如额定推力、耗油率、重量和尺寸等。2002-2003年俄罗斯圣彼得堡市克里莫夫公司为中国FC-1原型机供应了首批RD-93发动机试验样品。成飞随即生产了6架FC-1原型机，其中4架用于飞行测试。
第一架原型机PT-1于2003年夏天完备，当年8月25日成功首飞。当日巴基斯坦空军宣布为计划采购的FC-1飞机命名为JF-17“雷电”，其中“JF”是“Joint Fighter”(联合战斗机)的缩写，强调项目的国际性和中巴合作成果，数字“17”象征着该机将是巴空军在美国F-16之后装备的最先进的歼击机。第二架原型机PT-2主要用于静力测试。第三架原型机PT-3成为第二架飞行样品，于2004年4月9日升空。两年后的2006年4月28日，第四架原型机PT-4加入飞行测试项目，除了和前两架飞行样品一样测试飞机稳定性能、可操作性能、机动性能、起飞着陆性能和主要系统运转情况之外，PT-4原型机还开始测试中国自主生产的航电设备。第六架原型机PT-6跟PT-4的试验任务类似，该机于2006年9月10日首飞。此前生产的第五架原型机PT-5主要用于静力和寿命试验。FC-1/JF-17所有原型机的地面和飞行试验都在中国进行，包括成飞公司飞行基地、中国阎良空军飞行研究中心和中国空军靶场。
巴基斯坦空军飞行员从2004年春天开始积极参与试验。巴空军飞行员哈克少校和哈比布少校2004年4月10日首次驾驶第3架JF-17原型机试飞，在英国和中国培训的巴空军4名飞行员随后加入试验。尽管首批飞机是在中国境内生产和试验，但是巴基斯坦专家从最开始就积极参与项目工作，从拟定技术性能要求和飞机构想，到直接参与设计、制造和试验。为了加强协同工作，巴基斯坦1995年2月成立“超7”工程管理处，2003年10月更名为JF-17工程管理处，先后由巴空军多名副元帅负责。
