从轰-6到轰-6K一个重大升级就是导航系统的进步，这个进步虽然不引人注目，但是对于轰-6来说有效的提高它的作战能力。
人类的军事行动，可以简单的归结为将武器投放到目标上，这个行动的前提就是准确的知道自身和目标的坐标，要达到这个目标高精度的导航系统必不可少，所以美国全力以赴建立了GPS，虽然耗费巨大，但是它给美国带来的难以估量的军事、政治、经济及战略上的利益。
轰-6K战略轰炸机的导航系统进行了较大的升级
轰-6最初的导航系统非常简单，只包括一些最基本的无线电导航、罗盘及航姿系统，可以提供的数据及精度比较有限，需要领航员及雷达观察（探测）地标来保持航线的准确性，所以远程轰炸、全天侯作战能力较差，因此轰-6此后的改进一直将导航系统作为一个重点来进行。
轰-6K
70年代国产多普勒导航雷达研制成功，它是是利用多普勒效应测定多普勒频移，从而计算出飞机当时的速度和位置来进行导航，当飞机因侧风而偏航时，多普勒雷达还用于测量偏流角的数值并对航向进行修正。
系统可以全天候工作，不需要地面信标配合，提高了飞机的导航精度，因此空军决定为轰-6加装多普勒雷达，以便提高轰-6的远程作战能力，这就是轰-6C，它配备了国产第二代自动领航轰炸机系统.
