对于超募资金用于永久补充流动资金和归还银行贷款的金额，《创业板信息披露业务备忘录第1号——超募资金使用》规定，每12个月内累计不得超过超募资金总额的20%，同时在审议程序上要求该议案取得董事会全体董事的2/3以上和全体独立董事同意，且保荐机构明确表示同意等。
但是，在实际操作中，有些创业板公司通过“资金置换”的途径来规避监管。具体方法是，上市公司用超募资金置换预先投入的资金，将超募资金变成流动资金后，不再受三方协议(即：发行人、保荐人和存放募集资金的商业银行)监管，也不再受到证监会只能投主业的限制。
去年11月3日，亿纬锂能发布了创业板第一份“资金置换”独立董事意见公告，计划用募集资金置换“早先已经投入主营业务的自筹资金”。同时，在该公司募集资金尚未落实之前，就抢先一步动用超募资金投资主业。
此后，其他公司也纷纷效法，华测检测置换出2135万元，占公司超募总额的6.84%；上海佳豪也用超募资金置换出了原先投入募资项目的1200万资金，占超募总额的5.94%，公司董秘马锐表示，这1200万元是公司自有资金投入的，置换后用于补充流动资金；红日药业则打算用超募资金置换前期在两个公司项目中投入的1858万元，占公司超募总额的4%。
根据业内人士的分析，资金置换表面上没有改变资金的数量，但通过置换，上市募集的资金则变成了企业自筹资金，不再受三方协议监管，也不再受到证监会只能投主业的限制，规避了监管部门对募集资金的监管，这实际上相当于变相挪用募集资金。亟须 完善超募资金使用
面对创业板公司日趋严重的超募现象，广发证券总裁李建勇表示：“在市场化定价机制下，发行价格由市场决定，是一个不确定的变量，因此实际募集资金与计划筹资额不一致就是一种客观存在。”要改善这种状况，只能通过市场化的方式进行，如通过一些制度安排和工具运用，降低超募资金产生的根源，同时将对超募资金的监管往前延伸，使募集资金在事前、事中、事后都能得到有效监管。
中央财经大学证券期货研究所所长贺强认为，目前创业板公司的严重高溢价发行，不仅导致募集资金过多，造成资金资源的浪费，而且高溢价发行也导致二级市场过度投机，从而给市场的健康发展埋下隐患。贺强建议，应采取措施限制高溢价发行，把发行价格降下来，比如限制市盈率倍数等。
一份最新统计数据显示，国内70家保荐机构对创业板企业保荐项目收费报价为平均每家1049万元，平均占募集资金总额的4.27%。但是，实际收费与最初报价相差甚远，2009年保荐机构在创业板企业保荐承销收费上，平均每家实际达到了3471万元，占募集资金总额的平均比例达6.1%。
据一位投行界人士透露，在创业板推出前，保荐机构的保荐承销费用大多采用固定金额形式或募资额比例形式，新股募资多寡和保荐承销费用之间关联度不大，因此保荐机构对首发企业是否超募及超募多少并不敏感。然而，随着创业板市场火爆行情的出现，部分保荐机构在固定收费比例的基础上，还增加了浮动收费比例，或是实行等级累计收费。这样，对于投行而言，发行公司超募得越多，那么其获得的承销费率就越高，费用额度就越大，这也是保荐人极力促成首发超募的动力所在。
对此，业界的普遍建议是，现行的浮动收费比例和等级累计承销费用计费方式亟须改变。如果超募资金部分不再计入承销费用，那么证券公司作为保荐人和承销商，就会失去促使公司进行超募的动力，超募资金出现的数量和概率就会随之降低。
同时，不少专家还建议，在确定募集资金总额的基础上，可尝试引进存量发行机制，将发行数量与发行价格挂钩，如果发行价格过高，则可适当降低发行数量，从而减少资金超募。民生证券总裁罗凌表示，存量发行可与现有增量发行相结合，还可以进一步引入储架发行，形成更多的发行组合方式。如根据公司的股权结构和IPO项目的资金需求，可同时使用存量与增量发行；也可以根据市场发行状况，采取一次审批、多次发行的储架发行方式，比如先增量后存量或先存量后增量等。
武汉科技大学金融证券研究所所长董登新则认为，对于创业板公司的超募现象，不能仅仅从新股发行等技术环节寻找原因，从而寄望于新股发行制度改革“一改了之”。而应当从更深的、更立体的层面上解决问题，譬如加强对公司法人治理结构的完善，严格履行股东大会对超募资金使用的授权等等。
