杨彦明在证券营业部的支取款项行为基本上只有他和章蓉两人知道。每次指使章蓉去取钱，杨彦明只是说“要用钱”，章蓉也曾问过这些钱的去向，但杨彦明只是回答“不用你管”。甚至于他的妻子都不知晓杨彦明的所作所为。案发后检察机关曾去检查他妻子的经济状况，但发现其银行存款基本上全是正常的工资收入。同时，也没有证据表明他的赃款流向国外。至此，6500多万元赃款人间蒸发。但是杨的辩护律师等法律界人士推测，这笔巨款最终的下落有如下几个。
1.运作亏损
杨彦明一直坚持自己不是贪污，而是操作失败。据了解，杨彦明贪污的公款主要来自某市农村信用合作社的委托理财资金，但规定的收益率较高，光靠买卖国债无法达到许诺的收益率，其他私下的运作就不可避免。
据杨彦明供述：2000年底，杨彦明指示交易部门将本营业部23个股票、基金账户中的约1900万元资金转出，以撤销指定的方式，分仓到其他几家证券营业部，运作一年后，再转回望京营业部。然而，一年过后，这笔资金发生了150余万元的亏损，杨彦明于是指使该经理从此次转回资金中提现376万元。这笔钱同样石沉大海。
章蓉也在法庭上供认：“1999年的时候，杨总让我从那些账户里提现金交给他，他拿出去运作。”这些现金多数有去无回。即使杨彦明2004年离职之后，仍再次指使章蓉取出104万元公款，其中60万元用于个人炒作期货，案发后归还，但剩下的44万元至今不知去向。
一位证券界资深人士告诉记者，以前证券营业部违规操作的事情很多，像杨彦明这样几千万，在证券市场上都不算大钱，能在很短的时间内亏损殆尽。每到牛市，一些证券公司就采用很多不规范操作方式。可是一遇到市场有大波动，很多公司纷纷倒闭。“其实各公司真要是规范操作，绝对没那么多倒闭的。”
2.行贿
除了投资失败，另一个资金去向的猜测，是被杨彦明用作了“特殊用途”。杨彦明的辩护律师钱列阳曾经大胆猜测，赃款中的相当部分是被杨彦明用来行贿。
在3月25日的庭审上，当法官和检察官问到6500万元钱款的去向时，杨彦明首度承认部分资金用于行贿，称部分资金“作为费用给了相关部门和个人”。但接下来，具体给了哪些部门和个人，杨彦明又故伎重演不再往下说了。而辩护人之一许昔龙律师则一直认为：“本案的证据可以证明章蓉从营业部提取了6500余万元，也可以证明杨彦明从章蓉处拿过钱，但杨彦明到底从章蓉处拿到了多少钱?是否如数拿到了6500余万元?现有的证据是不能确实、充分地说明这个问题的。”
也有证券界人士怀疑地说，杨彦明自己在证券部以外偷偷运作资金，那就运作好了，似乎并不需要什么“上面有人”。如果有人，那只有直接监管杨彦明的人，那么侦查机关一查就能查出来。可是到现在侦查机关也没有查出什么名堂。
3.藏匿
“杨彦明要是想藏匿巨款，只要不交代，侦查机关很难查出来。”曾在农行工作了15年的一位人士透露，从报道上看，1998年6月至2003年8月期间，杨彦明通过电话或当面告知的方式，指使章蓉为其提取现金。而储蓄实名制开始于2000年4月。所以如果杨彦明在2000年前开设假名账户，并办理储蓄卡，把钱存在里面。只要知道这笔钱下落的人这几年先别动用，等风声过后就能轻易提出现金。“除非侦查机关调查几十年”。
这位人士还指出，杨彦明毕竟在银行工作了20年，还担任领导职务，要想藏点钱易如反掌。
七、曾自曝“行贿说”
从2004年事发到今年3月25日上午的庭审，5年来，围绕“证券界死刑第一案”最核心的话题即为杨彦明所贪污巨款流向何处。此前，侦查机关并没有在杨彦明个人名下发现大额不明资产。几年来，从侦查人员到律师，都希望他能够坦白，争取立功。但无论是看守所里的讯问还是在法庭上，只要说起钱去哪了，他都立即沉默，或者声称记不清了。
但在3月25日的庭审上，当法官和检察官问到6500万元钱款的去向时，杨彦明首度承认部分资金用于行贿，称部分资金“作为费用给了相关部门和个人”。但接下来，具体给了哪些部门和个人，杨彦明又不再往下说了。其辩护人之一、大成律师事务所律师钱列阳问道，“一旦有相关人员出现受贿或巨额财产来源不明被国家司法机关介入调查后，你是否愿意配合指认”?杨彦明表示可以作为证人作证。
据了解，“证券界死刑第一案”可谓历尽波折，在经历了一审、二审后，又被发回重审。重审一审仍维持死刑判决。3月25日这次是重审二审，在此关乎生死时刻曝出的“行贿说”，杨彦明想救自己却又欲言又止，那他又有什么难言之隐呢?
据知情人士称，主审本案的法官为了慎重起见，在该判决作出前，还专门到看守所会见了杨一面，问杨有没有可揭发的行为，但杨依然守口如瓶。
八、争议：该不该“刀下留人”
杨彦明于2005年12月12日一审被判处死刑。他老家的亲属委托钱列阳和许昔龙两位国内著名刑辩律师作为二审辩护人介入该案。钱列阳律师认为杨彦明贪污的部分款项可能用来行贿。
“这个人或这些人对杨彦明来说可能非常重要，如果杨彦明被判处死刑，那么最终得益的，将是这些隐藏在幕后的人。”钱列阳律师在重审的法庭上提出了这样的观点，出于判决的社会意义，法院可以考虑不判处杨彦明死刑，“毕竟抓出那些幕后人具有更大的社会意义”。同时也有可能为国家挽回巨额经济损失。
但检察机关反驳说：“如果不严惩犯罪者，那么就会向社会传递一种错觉，即认为只要不说就可以‘免灾’。”两次一审判决，法院都选择支持检察机关的公诉意见，似乎也在昭示着某种态度。
