周恩来派人把李德生、邝任农、吴法宪等人找来，把大使馆拍下的现场照片交给他们传看，同时把另一套照片交给杨德中，让他主持研究飞机究竟是怎样坠毁的。
杨德中等人来到人民大会堂东大厅，此时公安部长李震、北京军区空军司令李际泰等已坐在那里等候。等他们仔细看过照片和示意图后，再根据孙一先带回的使馆汇报材料，一致认为飞机是因燃料将要耗尽、被迫做紧急着陆时，不慎坠毁的。
凌晨4点多钟，杨德中又转回大会堂福建厅，向周恩来总理汇报了分析结果。
周恩来命人把蒙方提出的两份文件稿子各抄写一份，字要写得大一些，然后亲自将稿子和那些现场的照片，送给了住在人民大会堂118厅的毛泽东主席。
等符浩他们走出人民大会堂北门时，东方的天色已经泛起了鱼肚白。回头望去，人民大会堂福建厅的灯光从窗纱中透出，周恩来仍在不倦地工作着。
10天之后，中共中央决定在人民大会堂，对林彪的同党进行逮捕。
9月24日上午9点，黄永胜、李作鹏都依照到人民大会堂开会的通知，准时来到大会堂福建厅。邱会作是周总理在机场亲自告诉他的，所以他紧跟着周总理到了人民大会堂，是第一个到场的。只有吴法宪磨蹭到了9点10分，才进入福建厅。
黄、吴、李、邱都是军人，为了防止他们反抗，警卫战士在行动前就把福建厅里的烟灰缸、茶杯都拿走了。在“四大金刚”到齐后，周总理对他们说：
“限你们10天坦白交代，争取从宽处理，你们不听。这个事还小呀，还有什么事比这个事更大！你们对党对人民是犯了罪的。现在宣布对你们实行隔离审查！”
据中央警卫局当时的副局长邬吉成回忆，林彪事件之后，中央警卫部队进入甲级战备。因为得知林立果小舰队曾策划谋杀毛主席，方案中有利用空军从空中进行袭击的设想，为了防备来自空中的打击，中央核心的警卫部队增加了防空能力，新成立了一个由高射机枪、高炮部队组成的“机炮”大队，并在毛主席等中央核心领袖办公及住所附近布防。
机炮大队原准备分布两处：一处在故宫，一处在钓鱼台。预定将机枪和高炮架设在故宫的西华门边上的屏风楼上，在实施安装时发现根本弄不上去。钓鱼台的点部署比较顺利，高射武器就架设在国宾馆的南面。
林彪“九一三事件”之后，毛泽东深受刺激和震动，害了一场大病。这期间他对“文化大革命”以来发生的一切做了反复的审视和思索，曾几次做出自我批评，公开承认自己的一些错误并亲自提出对一些冤、假、错案要予以纠正。例如为“二月逆流”平反，出席陈毅的追悼会，让一些老同志恢复工作等等。
林彪集团的覆亡，宣告“文化大革命”从理论到实践的破产。
