1969年4月15日，九大开会期间，大会主席团秘书处发出了关于第九届中央委员和候补中央委员的选举办法：中央委员加候补中央委员的总人数不超过250人；各类人员的比例，毛泽东、林彪为当然候选人；周恩来、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成等中央文革碰头会的12人，以及军委办事组的李作鹏、邱会作、刘贤权为一致通过的候选人；原八届中央委员97人和候补中央委员73人被提名为九届候选人的，限为53人。这样，大多数八届中央委员、候补中央委员的被选举权就被剥夺了。
在各小组酝酿候选人提名过程中，也充满着错综复杂的斗争，即使是造反派内部，各阵营之间也争得不可开交。张春桥、姚文元等极力为上海的王洪文、徐景贤、王秀珍、马天水、金祖敏等争得了候选人的资格。
而一些没有造反背景的代表，如纺织工人出身的郝建秀，是著名的劳动模范，受过高等教育，有文化，有才能，本来山东代表团提名她为候选人，但康生等却以她在“文化大革命”中表现不好为由，坚决反对把她列入中央委员的候选人名单中。
4月11日，在大组召集人会议上，毛泽东特别指出，当前主要问题是一种倾向掩盖着另一种倾向，一方面把敌人揪出来了，另一方面掩盖了打击面宽和扩大化问题。毛泽东的意思是把一批老干部列入候选人名单。结果，经过有意的安排，一些老干部当选了中央委员。
九大选出的中央委员，比原计划要选的要多，这是因为各派政治势力妥协的结果。进入候选人名单的达到279人，超过计划29人。经过投票，这279人全部当选，其中中央委员170人，候补中央委员109人。
4月24日，中共第九次全国代表大会由林彪主持，在人民大会堂举行了最后一次全体会议，投票选举第九届中央委员会。在大会堂主席台前排，毛泽东坐在中间，一边依次是林彪、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成，另一边依次是周恩来、董必武、刘伯承、朱德、陈云、李富春、陈毅、李先念、徐向前、聂荣臻、叶剑英，形成了政治上极富暗示性的局面。
选举结束后，第九次全国代表大会闭幕。
随后，新一届中央委员会于4月28日，举行了第一次全体会议，选举了中央领导机构。毛泽东当选为主席，林彪当选为副主席。毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生当选为政治局常委。
除这5人常委之外，当选为中央政治局委员的还有：叶群、叶剑英、刘伯承、江青、朱德、许世友、陈锡联、李先念、李作鹏、吴法宪、张春桥、邱会作、姚文元、黄永胜、董必武、谢富治。
当选为政治局候补委员的是纪登奎、李雪峰、李德生、汪东兴。
