89年之后，格鲁曼退出“超7”计划，成飞硬着头皮坚持了下来，经过和巴基斯坦的长期协商，最终签署新的要求，并借此机会全面优化设计，增加了大边条，最终形成枭龙的协议。自此，枭龙终于从纸上谈兵转入真刀真枪。1999年开始研制，2001年9月确定了技术指标，半年就完成了初步设计，冻结了技术状态，2003年8月25日首，2006年4月28日04号首飞。有意思的是，2001年确定技术指标的时候，成飞的人看到X-35的DSI，为这个全新的进气道设计所震撼。据说成飞人就是根据几张新闻照片，开始自己的研究，计算、仿真、风洞模型，终于摸清了DSI的机理和设计原则。但为了控制技术风险，枭龙分为两步走，01和03号机作为平台状态，验证基本设计;04号机作为全状态，作为最终设计。这是很聪明的做法，不在一棵树上吊死，并可以利用平台状态到全状态之间的时间，研发和完善更先进的航堤电、武器，这些东西正好在发展很快的动态中，过早冻结或者规划太远都不妥当。不过02号哪里去了?静态结构测试?
04号机除了先进航电外，最大的外观特征就是DSI，也叫蚌式进气口。成飞人在研究吃透F-16那样的前机身预压缩之后，又对F-18E和F-22那样的Caret进气口深入研究，但对于枭龙这样轻巧、廉价的中等性能战斗机来说，蚌式进气口才是最合适的，除了具有良好的边界层分离效果外，还具有重量轻、隐身效果好的特点，总体性能优于原来的固定斜板结构。
对于04号机的蚌式进气口，人们还有争议，这到底是不是真正的蚌式。一方面，这蚌式的特征性的鼓包显而易见;另一方面，鼓包上的小孔和进气口唇部前掠不足又使人生疑。没有疑问的是没有看见机身上表面的泄气口，如果鼓包上的小孔是分离(或者说吸除)边界层的主要手段，那机身上表面的大型泄气口是少不了的。或许成飞为了减少进气口的“大手术”，对唇部就不做大改，效果不足的部分用鼓包上的小孔吸除，所以是一个混合的机制?
