如同大部分飞机一样，B-2产生最大噪音的部件是其发动机系统。但是和喷气式客机或者B-52轰炸机不同的是，B-2的发动机是深埋在飞机内部的。这样可以抑制噪音。高效的气动设计也有助于B-2保持安静，因为发动机可以在较低的功率设定下运行。
发动机系统还致力于最大限度地减少飞机发出的红外(热量)印记。红外线探测器(有些用在热追踪导弹上)通常都会探测出发动机排出的高温尾气。B-2产生的所有尾气都先通过冷却通风口再从尾部的排气口排出。将排气口安放在飞机顶部进一步降低了红外印记，因为敌方的探测器大都是从飞机下面进行扫描的。
B-2轰炸机防雷达探测有两大屏障。首先是飞机的雷达吸收表面。雷达使用的无线电波是一种电磁波能量，类似于光波。某些材料的吸光性很好(如黑色油漆)，同样道理，有些材料特别容易吸收无线电波。
B-2轰炸机的机身主要由复合材料构成——即多种轻型材质的混合材料。B-2轰炸机使用的复合材料专为达到吸收无线电波的最优效率而设计。机身的某些部分，比如前部边缘，还覆以先进的无线电吸收涂料和胶带。这些材料非常昂贵，而且美国空军还要定期更换它们。每次飞行任务之后，维护人员都要花好几个小时检查B-2轰炸机以确保它适合完成隐形任务。
高反射性的金属部件，比如飞机的发动机，全都位于由复合材料制成的机身内部。空气流入进气口后穿过S型管道进入发动机。炸弹也安装在飞机内部。起落架在飞机起飞后被完全收起。
B-2轰炸机的起落架
第二道雷达掩护的屏障是飞机的形状。飞机反射无线电波就好像镜子反光一样。一个竖直的平面镜会将你的影像直接反射回到你的身上——你会看见自己。但如果你将镜面倾斜45度角，则镜子会将你的影像竖直向上反射。你看到的就不是自己，而是天花板的影像了。弧面镜也能将光线以一定角度反射出去。如果你将一个激光指示器对准一面弧面镜，则无论你如何改变入射位置，激光束永远也不会被直接反射回指示器的。
隐形轰炸机奇特的外形使它能以两者得兼的方式反射无线电波。飞机上下表面的大片扁平区域正如倾斜的镜面。这些平面能将地面站发来的大部分无线电波反射到别处去，只要地面站不是位于飞机的正下方。
