在配送方面，京东起初只通过邮局邮寄货物，在用户的要求和提醒下，京东才开始与圆通等快递公司合作，大大提高了配送的速度。但到了2007年6月，京东的日订单量超过3000个，月销售额达到3000万元，第三方快递公司的时效性和服务品质又成为了新的瓶颈，客户屡有投诉。2007年8月，京东在北京、上海、广州三地建立自己的配送队伍，其余地方继续采用第三方快递。2009年初，京东新融资的2100万美元中有70％将用于成立控股物流子公司，购买新的仓储设备，配备手持RF扫描器，建设自有的配送队伍。
未来：大而全的困惑
京东商城在3C和家电的基础上，开始做日用百货。质疑声迭起，但刘强东十分坚持。他相信，那是京东的未来。十年后，京东商城一定是一个大而全的网上零售公司。
2008年下半年，刘强东在董事会上提出，京东要在3C和家电的基础上，增加日用百货商品。徐新对此并不同意，在她看来这显然有点操之过急，“3C市场已经足够大，没有必要冒着品牌稀释的风险去增加新的品类”，但她承认刘强东对京东的控制力，“Richard（刘强东）是公司的创始人，公司的决策绝对是他说了算”。
2009年年初，京东开始销售百货商品。
为什么日用百货现在要上？刘强东的逻辑是：“京东已经有200万注册用户，他们希望所有的东西都在京东上买，推出百货产品是为了满足这些用户的需求。我可能三年五年都不会在百货上花多少精力，99％的时间和精力还是放在3C和家电，直到把它的销售额稳稳地超过100个亿。”刘强东说，“但是如果十年之后来看的话，我可以告诉你，京东一定是大而全的。”
和现实中的商场一样，有人流就会带来销售。京东在拥有了每日上千万的浏览量之后，上百货产品自然也能带来不错的销量。不过，百货与3C、家电是完全不同类型的商品，无论是供应商渠道、库存管理、物流配送都有不小的差异。在商品种类做到“大而全”的同时，保持供应链的高效率，这对京东显然是个新的挑战。
我们不妨先看看世界级的“大而全”。亚马逊目前销售超过3000万种商品，2008年销售额192.7亿美元，而库存周转天数不足10天，而京东在商品种类1.5万、销售额13亿的量级上，其库存周转天数需要12天。显然，差距不小。试想，如果2年内京东的商品种类超过10万种、销售额达到100亿，它还能否在现有基础上保持甚至提高效率？
供应链效率的提升往往意味着对技术的充分应用和巨额的投资。亚马逊1994年创建，用了超过10年的时间建仓储、物流丰富产品线，完善服务器、数据库架构，其总投资可能超过20亿美元。这种在初创期的巨大投入让亚马逊长期处于亏损状态，创始人贝佐斯一直是华尔街最不受欢迎的人。直到2003年，亚马逊成立8年之后才开始赢利。
在接受《创业家》采访之际，刘强东称，京东已经于2009年4月实现稳定的可持续的赢利，但他要把京东做成健康的“大而全”依然面临严峻挑战。除了自身系统的管理和升级能力，中国零售行业受到的限制太多。比如，多数国内的供货商没有或不愿将其API开放给京东，这就使得京东无法精确掌握货物的信息；国内的库房单体面积往往只有数千平米，而极少有数万平米的大库房，也就是说京东的货物必须分在几个小库房中，这就使得京东几乎不可能真正以流水线装置来传送货物。“能把存货周转天数控制在12天已经几乎是一种极致了”，刘强东说，“到今年年底，我有信心再减少一天”。
刘强东现在的目标是，2-3年内京东销售额突破100亿，净利润两亿元。但他认为，突破100亿之后，“京东反而会有很大的现金流管理风险，因为那时现金流将超过10亿元，将必须要有产出。但现金流是供应商的钱，万一投资失败，京东可能会面临资金流断裂的危险”。
京东的未来空间很大，但不确定性同样存在。
