即使日本方面失去了5、6月份提前结束战争的机会，但还是能避免遭受来自美军原子弹打击的劫难。到目前为止，日本教科书或者日本历史学者都这样认为，美军向广岛、长崎投下原子弹，日本方面事先是没有想到，是被美军打了一个措手不及。但是最新资料发现事情并不是这样，日本陆军一直就对美国的原子弹开发密切关注。
在日本陆军参谋本部中有一个秘密部门叫特殊情报部。当太平洋战争爆发后，特殊情报部就关注在关岛、天宁岛（美军轰炸广岛飞机的起飞地点）以及塞班岛等群岛的美军动向。在解读美军发出的密码中，特殊情报部发现了这支美军的特殊轰炸部队，也就是之后在广岛、长崎投下原子弹的美国轰炸部队。
美军登陆冲绳
换句话说，日本陆军对美军的原子弹开发动向非常清楚，但是事实就是没有告诉日本国民。
资料发现，当时特殊情报部特别关注天宁岛特殊部队的动静，确信这个部队肯定是有特殊任务。因为一般的美军部队都有几百架轰炸机，每天都有轰炸日本各个城市的任务，而这个部队只有十几架飞机，所以特殊情报部觉得非常可疑。
1945年8月6日清晨，这支特殊部队向广岛飞去，日本特殊情报部已经在投下原子弹前1个小时获知这个情报，并且用最快的速度向参谋本部报告。接到报告后如果参谋本部马上通知广岛防空司令部，如果当时拉响了空袭警报的话，或者原子弹带来的灾害可以减轻。但参谋本部什么也没有做，广岛就像一个不设防的城市，任凭美军投下原子弹。
日本正式投降
时间又到了8月9日，日本特殊情报部又一次在原子弹投下5个小时前，掌握到了美军特殊部队的动向。马上又向参谋本部报告了这个情报，这次日本参谋本部还是什么都没有做，不幸的长崎市又在毫无防备情况下被原子弹炸中。一位幸存者这样说：如果当时拉了防空警报，让大家避难会挽救更多人的生命。
日本无条件接受同盟国提出的投降条件后，特殊情报部是销毁内部档案与资料最彻底的部门。现在几乎没有人知道日本历史上存在过这个部门。日本战后，陆相阿南、前首相近卫都畏罪自杀了，这也是为了逃避战后的审判，他们一死很多事情都死无对证。历史终将会对某些人的做法作出公正审判。
