元太祖十五至十八年(1220～1223)间﹐邱处机应诏赴西域大雪山谒见元太祖﹐受到礼遇﹐命其掌管道教﹐在各地大建宫观﹐全真道进入全盛时期。在发展中﹐因不断侵占佛教寺院﹐宣传“老子化胡”之说﹐引起僧人不满﹐而导致元宪宗八年(1258)的僧道大辩论。结果全真道失败。宪宗诏令全真道归还侵占的寺院200馀处﹐又令道士落发﹐焚毁《老子化胡经》及其雕版。元世祖至元十八年(1281)﹐僧道再次进行辩论﹐全真道又以失败告终﹐诏令除《道德经》外﹐其他道经尽行焚毁﹐全真道遭到沉重打击。元成宗时﹐禁令渐松﹐全真道又见恢复。明代朝廷重视正一道﹐全真道相对削弱。入清以後更为衰落。
现存全真道的早期史料较多﹐《正统道藏》收有王重阳以及北七真的着作﹐教史有秦志安的《金莲正宗记》﹑李道谦的《七真年谱》﹑《终南山祖庭仙真内传》﹑《甘水仙源录》等。但後期的史料较少。清人陈铭珪的《长春道教源流》和今人陈垣的《南宋初河北新道教考》对全真道的历史作了一些考证和论述。 全真教是后期道教最大的派别之一，元代以来与正一派一起延续至今。全真教三教合一的思想非常鲜明，这是其重要的特征之一。全真教仿效佛教禅宗，不立文字，在修行方法上注重内丹修炼，反对符箓与黄白之术，以修真养性为正道，以识心见性、除情去欲、忍耻含垢、苦己利人为宗。全真教规定道士必须出家住道观，不得蓄妻室，并制定了严格的清规戒律，这一点和正一道很不相同。全真道是中国道教后期的两大派别之一。创建于金初，后再与其他丹鼎小派合并而成。大派一直流传至今。
