此后，朱张二人的财产，包括海上的船舰、陆上的土地和家中珠宝都被充公。为处理两人的财产，朝廷特意设置了钦差大臣，两人生前富甲一方，光核对和追查隐藏的财产就花费了6年功夫。
虽然朱清和张瑄被处死了，他们的财产也被没收，但是元朝统治者并没有按照传统对谋逆罪的处置，进行“株连九族”，更没有处理跟着他们进行贸易活动的其他人。这在朝廷是有着复杂考量的——对于元朝来说，海路不能完全禁绝，放过朱张二人的家人和属下，可以靠这批熟手小范围地继续保持海上贸易活动，海路粮食运输也不会受到太严重的损伤。但不管如何，朝廷不会让个人再如此大权在握，中饱私囊了。二人死后，朝廷将海运收归官有，在朱清和张瑄的时代，监管海上贸易的官员至少有4个万户侯，24个千户，他们死去一年之后，平江路（今苏州附近）的长官接管了海上运输的任务，大大简化了行政程序，只设达鲁花赤一员，万户二员，副万户三员。千户所按地区划分，改为11处，只设达鲁花赤、千户和副千户。
朝廷的经营困境
机构设置虽有改善，但在运营海上贸易方面，政府远远赶不上朱清和张瑄，为了保持运输量，政府不得不雇佣（很多时候是霸占）私人的船舰，1309年5月北京发生饥荒，政府急需20万石米来挽救饥馑的灾民，结果运输过程中困难重重。
浙江地区的长官递交的报告中记载了这些困境，他写到，在以前，朱清和张瑄控制海上粮食运输的时候，每年的运输量从四五十万担慢慢增长到每年一百万担，运输的船只总是绰绰有余，运费也很公平，而到了1309年，税收和苛捐繁重，私人船主陷入困境，为了逃避重税纷纷躲了起来，结果，运输粮食的船只远远不足。为了凑足船数，官员们不得不远到福建等地来“征用”船只……
这位官员同时提到，澉浦的杨氏家族拥有船只，并且熟悉水路，他请求朝廷，任命澉浦杨氏为掌管海上运输的万户，利用他们海上运输的经验，使得海上运输顺利进行。
这些情况，让蒙古统治者开始重新思考：把海上粮食运输收归官办到底对不对？
1310年，或许是因为张瑄孙子的请求，或许是因为北方的饥荒迫切要求朝廷重新启用张瑄家族。总而言之，这一年，皇帝对朱清和张瑄给予平反，令张瑄的长子掌管对日本的贸易。尽管如此，要马上运粮挽救饥馑已经为时较晚了。
1310年，粮食安全运到天津港之后，皇帝专门派了一名钦差赶到天津，祭祀海神娘娘，感谢海神对船队的保佑。第二年，朱清一个精明强干的手下成功组建了八百只船的舰队，并且押送了2773266石米到北京，此次运粮数量之多，今天来看也是一个奇迹。
经过这些事之后，元朝统治者意识到海上运输的复杂性，再次提升了海上运输官员的职位。从名臣柳贯的一段记载中可以看出朝廷有多依重他们：这些官员可以佩戴虎头金牌，出行的时候可以乘坐三匹马拉的马车，每个城市的地方官员对他们毕恭毕敬……
澉浦杨氏家族
朱清和张瑄之后，另一个着名的被招安海盗家族，是澉浦杨氏家族。
杨氏家族在宋朝就从事海上贸易。其中心人物杨发和朱清、张瑄一样受到南宋招安，后又投靠元朝。1277年，忽必烈仿效宋朝，在现在的宁波、上海和澉浦设立了三个市舶司，全部归杨发管辖，杨家很快搬到海盐县澉浦镇地区居住。4年之后，这里就变成了东南亚的重要商品集散地。意大利人马可？波罗曾至澉浦，在其游记中写道：“这里是一个优良的港湾，所以从印度来的货船，经常都在这里停泊”。
