原定政变日期在1950年6月25日，正巧那天南北朝鲜战事起，美国害怕后院失火，政变计划遂告搁置。直至1953年美国民主党总统候选人史蒂文生访台时，孙立人仍向史抱怨蒋氏父子。孙声音压得很低，抨击蒋氏排斥异己。孙表示国民党部队有能力###，但领导层的老人必须清洗。这些行动自然被情治机构负责人蒋经国侦知，孙立人则蠢在缺乏警觉。
显然，所谓匪谍案和兵谏都是当局清除心怀贰志将领的借口。孙立人的罪状何止兵谏，根本就是在美方策动下谋反，何冤枉之有？
蒋介石对孙立人一直疑忌，但1949年8月仍任命孙为台湾防卫司令，次年3月升任其为陆军总司令。据麦帅档案，1950年6月中旬台湾的国民党当局驻日本军事代表何世礼向麦帅总部情报处长韦洛比转达一项信息——蒋表示愿交出权力，但绝不交给孙立人。据美国亚利桑那大学教授麦可·夏勒所着《道格拉斯·麦克阿瑟——远东将领》一书所述，麦克阿瑟颇有出任台湾最高指挥的野心，但此非他一个人所能做主。由于蒋介石的坚决拒绝，再加上杜鲁门对他的疑忌，他连统治日本的权力都没有保住。韩战爆发后，台湾转危为安，美援源源而来，蒋氏父子才陆续采取措施清洗挟美自重的高官——1953年春罢黜吴国桢，1955年整饬孙立人。蒋介石要借孙案巩固权力中心，从而向美国人显示他能全盘控制台湾局势，请美国对台湾勿存非分之想。然而他又不能同美方撕破脸，那时美方档案未曾解密，由非正当渠道所截获的情报是不能作为罪证展示的，所以蒋经国指示淡化处理此案——“不能使美国人脸上下不来”。在监察院参加五人小组调查孙案的陶百川，在《困勉强狷八十年》一书中提及，事实远较孙立人的口供严重，这从另一侧面证实孙立人的谋反罪是存在的。孙立人是美国对台阴谋策略的牺牲品，目中无人的他处在那个年代，迟早要出事，何况他毕竟萌生过谋反念头。当时谷正文判断孙立人的部属郭廷亮等人有兵变企图，但为避免牵连孙立人受军法审判，当局使用了 “匪谋自首”的罪名处理郭廷亮，这只是处理不当而已。因此，谷正文认为孙立人案并非罗织。然而，真正冤枉的是因孙案受株连的一百零七名旧部，其中三十五人判监十年以上，而被迫提前退役的部属更是数以千计。真正要平反的只是受株连者，而非孙立人本人。
