“巨浪二号”导弹第一阶段的基础 飞行试验相对顺利，而后期飞行试验却由于水下发射技术问题屡遭波折， 水下发射技术成了“巨浪二号”研制的主要障碍之一。“巨浪二号”水下发射 遭遇重重困难，其实并不意外，潜射导弹从二院转移到一院的结果，也让“巨 浪一号”导弹的水下发射研制经验几 乎付之东流。不过即使二院继续研制 “巨浪二号”导弹，效果恐怕也不会多好。“巨浪二号”导弹直径达到了两米，而且为了兼顾水下水动和空中气动，使用了类似苏联SS-N-20的双头罩设计，钝头的“巨浪二号”和尖头的“巨 浪一号”水下特征有巨大的区别，而中 国在“巨浪一号”研制时使用“台、筒、艇”的独创程序，虽然节约了研制试验费用，但也导致中国缺少必要的试验设施，对潜射导弹复杂的水动力环境不甚了解，也对导弹水下发射技术掌握不充分，加上双头罩设计的复杂性，出现问题实属正常。
资料图：中国海军094级战略核潜艇资料图：中国海军094级战略核潜艇
水动力环境，无论是水下运动还是出水时的冲击，即使有充分的数据也很难完全用计算机模拟代替，即使是按部就班做了大量试验的美国，在“三叉戟”D5大型潜射弹 道导弹试验时期都遇到出水溃灭压力过大的问题，中国的“巨浪二号”导弹 一方面从2000千米射程一步跨越到 8000千米，导弹本身跨度极大，另一方面缺乏水下试验数据和模拟能力，开始实际的水下发射试验后，自然问题多多，连续的失败曾对航天科技一院造成了极大的压力。
根据中国军网等官方媒体对“水下发射试验先锋艇”的报道，1999年10 月中央军委赋予031型200号潜艇实验 发射某新型导弹也就是“巨浪二号”导弹的试验发射任务，车永哲受命出任 艇长，那时的200号潜艇不仅老旧已经历经了4次改装，而且早已封存多年，连艇员也是自7个不同的单位抽调组成的，而且没有一个人执行过实弹发射任务。类似“巨浪一号”导弹，“巨浪二号”导弹同样研制了模型弹用于弹射发射试验，公开报道显示2001年8月200号艇进行了新型导弹首次水下发射试验，而从正常流程上说，这次试验应该 是“巨浪二号”的模型弹，此前可能还进行过模型弹的水上弹射试验。此后几年中，200号艇的模型弹水下发射试验续获得成功，加上遥测弹的陆上发射试验成功，遥测弹的水下试验发射也提上日程。
根据《中国航天报》2014年底《激浪扬波震海天》一文中对杨波总指挥的报道，“巨浪二号”导弹的第一次全程实验以失败告终，结合该报道的内容，这 次试验可能是2004到2005年的事情， 一年后该型号的第二次全程飞行试验 获得圆满成功。结合200号试验先锋艇 的报道，这次试验应该是陆上或是200 号艇的水面发射试验，200号试验艇的 报道还提到2008年夏有一次水下发射 试验喜获成功，考虑时间因素这应该是“巨浪二号”遥测弹的水下发射试验。遥测弹的陆上和水下全程试验先后成功后，“巨浪二号”导弹的研制一时曙光在 前，但不久，研制队伍遭遇了水下发射连续失败的挫折。
无论是今年航天报对杨波的报道，还是更早的航天报对林崧、董利强等人的报道，甚至对200号艇的报道， 都提到了“巨浪二号”导弹水下发射阶段的失败。对杨波总师的报道提到，失败接连来袭，幸好遇到了一个技术方 面的世界难题。面对这样的难题，杨波等人迎难而上，面对原有设计分析验证被证明行不通的事实，没有因为最初几次试验的成功心怀侥幸，而是坚持使用新的技术方案，最终走出低谷迎来了试验的成功。对林崧总师的报道提到，2009年定型前的最后一次试验中，本来看来稳操胜券的试验却直接失败，还为研制队伍带来前所未有的信任危机。对董利强总师的报道提到，他带领队伍完成了在某型号中首次应用主动先进技术，并完成了弹体结构的设计改进，弹体结构承载能力得到提高。最后试验成功后报道200号试验先锋艇时，也提到“那一次试验某型导弹，弹体突发不明故障，导弹发 射出水不久，突然像一块巨大的陨石 坠落下”，而考虑200号试验先锋艇的任务，这个新型导弹只可能是“巨浪二 号”，这个报道指出“巨浪二号”导弹曾出现导弹出水后未能点火的故障。
