就在两潜艇返回的路上，意外再次发生：为I-400系列潜艇提供能源补给，并且搭载两架中岛战机的I-13潜艇不声不响地沉没。有人怀疑是美军先发制人破坏了日军的行动。而这造成的后果是，I-400无法接收清晰的电台信号，与I-401失去了联系。“两兄弟”没有按照预定计划会合一处，因此只好推迟攻击计划，时间定在8月25日。
就在积极准备新的袭击的时候，8月14日他们通过美国电台得知日本很快就要投降，但是当时几乎没人相信。直到天皇第二天讲话后，“潜艇之王”上的所有人才如梦方醒。
不久后两舰接连接到日本总部的命令要求返回国内。但两潜艇人员商议，“不能便宜美国人”。因此在美国人赶到接收两舰之前，8月26日，I-401上的日本官兵把所有的鱼雷都销毁，也破坏了舰上的所有密码、日志、秘密文件，并用利器砸坏所搭载的“晴岚”战机，之后才浮出水面，向美军投降。第二天，I-400在归国途中也做了“类似工作”。
葬身太平洋底
虽然只是两具“空壳”，美国人也为此兴奋了许久，因为这是当时世界上最先进的潜艇。
美国和盟国开始对战舰的型号、运载能力、舰载战机能力以及投弹能力做了细致的研究。盟国的专家不约而同地表示，在同等级别的潜艇中，盟国无能出其右者。因此美国方面甚至有些后怕：一旦日本投降太晚，I-400“两兄弟”或将行驶到美洲各大港口，届时一场灾难似乎不可避免。
而苏联人得知美国获得当时世界上最先进的潜艇后，依据美苏之前签署的“共享协议”，要求到潜艇上“看看”。心事重重的美国人担心苏联人获得机密军事技术，在苏联人到来前，匆匆炸沉了两艘潜艇。
2005年3月，I-401的遗骸在太平洋瓦胡岛附近海域被发现。
杀伤力指数：★
短命指数：★★★
