但是，由基地组织(al-Qaeda)在阿富汗境内策划的9/11恐怖袭击，使美国与巴基斯坦的关系进入一个更为复杂的时期，其间美军帮助推翻了塔利班政权。美军仍在同塔利班武装分子作战，而巴基斯坦为后者提供避风港。
华盛顿方面也对巴基斯坦支持其它伊斯兰主义恐怖组织感到不快，同时美国总统巴拉克·奥巴马(Barack Obama)已表态称，伊斯兰堡方面装备战场核武器是“向错误的方向”迈步，这类武器将加大巴基斯坦与印度发生核冲突的风险。
歼20黄皮机
虽然美方尚未取消以7亿美元出售8架额外的F16战斗机，但它已撤回由美国为这份合同提供信贷的提议，因为国会两党都有议员要求巴基斯坦作出其中一名议员所称的“行为改变”，停止支持恐怖主义。
黄皮机起飞
“最初，美方在上世纪80年代向我们提供F-16战斗机，当时巴基斯坦是密切盟友，然后美方在1990年暂停销售，却在9/11恐袭后恢复销售，”巴基斯坦空军一名前将军表示。
“即使眼前这个问题得到解决，伊斯兰堡将没有人信任美国人。我担心巴基斯坦政策圈子正在日益形成的感觉是，我们不如从俄罗斯和中国购买其他飞机，获得更可靠的供应保证。”
