系统包括多普勒导航雷达、导航计算机、自动领航仪、轰炸雷达、航向航姿系统，具备全自动轰炸机、半自动轰炸、自动导航人工轰炸等能力，首架飞机于1981年试飞成功，同年交付部队。
配备YJ-6空舰导弹的轰-6D
不过多普勒导航雷达也有自己的缺点，首先它的导航定位精度仍然比有限，特别是机姿态超过限度时，多普勒雷达因收不到回波而不能工作，另外它由于发射电磁波，容易暴露目标，随着机载航空电子设备增多，也会产生电磁兼容问题，因此它已经不能适应新型作战飞机的要求，尤其是难以满足配备有精确制导武器飞机的要求。
YJ-63需要机载惯导系统提供初始对准
对于配备有精确制导武器的飞机，要求导航系统能够提供高精度的航向、速度、姿态等方向的信息，以便飞机和机载武器能够进行精确的定位，机载雷达能够进行较为精确地面杂波功率计算，火控雷达能够准确的进行相关数据的解算，对于这些要求多普勒导航雷达已经不能满足要求，所以轰-6在发展反舰型-轰-6D的时候，导航系统就为一项重要的内容来进行。
根据相关资料，轰-6D的导航系统除了无线电导航、多普勒雷达之外，还增加了惯导系统，惯导系统与多普勒导航系统相比，它不需要发射电磁波，因此抗干扰勇力强、隐蔽性能更好，精度也更高，从而满足机载火控雷达发射YJ-6反导弹的要求，通过轰-6D飞机的研制，为惯导系统和机载精确制导在国产作战飞机上面的运用打下了基础，积累了经验。
