日本政坛目前的复杂程度，将会极大考验菅直人的政治智慧。除了虎视眈眈的自民党可能会利用控制参议院的机会牵制民主党和菅直人以外，如何重新组合执政联盟也是棘手的事情。对于菅直人来说，最大的挑战可能还来自于民主党内部。
除了政坛上的凶险以外，菅直人目前还面临着经济问题上的两难困境。
如果说目前世界各国都面临着两难抉择，那么日本的问题则是最为复杂和艰巨的。从长期来看，日本经济在上世纪90年代泡沫破灭后，一直增长低迷，在“失去的10年”后，接着是“失去的20年”。并且事情仍没有转机，2008年全球金融危机以来，日本出口的长期前途更显渺茫。在全球经济未来将不得不被动地重新走向平衡状态时，日本倚重外需的经济模式将难见曙光。目前日本再次陷于通缩之中，物价多月连续下行，所以日本央行和政府仍实行目前全球最为宽松的货币刺激政策。但日本极为宽松的货币刺激政策从上个世纪90年代就开始实行，收效甚微。低利率和宽松货币政策本身反可能是造成日本自“广场协议”后经济泡沫的原因，也是泡沫破灭后无法真正复苏的主要原因之一，经济教科书认为：衰退和低迷必须实行刺激政策。
可惜日本经济已逐渐不具备实行刺激的条件了。目前日本总的债务负担占GDP的动态比重约为200%，债务危机的爆发已经是大概率事件。市场在炒作欧洲债务危机后，很可能下一步会瞄上日本债务风险。
7月12日，评级机构穆迪表示，如果日本民主党参议院选举的失利阻碍到日本政府处理该国巨额公共债务的能力，日本主权信贷评级可能因此遭到下调。而之前另一家评级机构标准普尔表示，若日本政府的财政状况进一步恶化，或缺乏财政整固的具体措施，标普可能下调对日本的主权评级。因此菅直人违背民主党的承诺，准备提高消费税率并节俭开支。但困难之处在于，民主党曾为了在短期内讨好选民而承诺不增加消费税，并扩大开支。
所以，日本目前的经济情况，看似两难选择，但实际上是两个都不能选的问题。菅直人如果想带领日本经济走出困境，必须走新路。
实际上，菅直人还面临着第三个“两难”的选择。
历史上，日本政府走过两条路。第一条路是田中角荣的“日本列岛改造”计划，靠财政支出搞大规模的基建。这条路虽对于日本经济上世纪的高速增长居功至伟，但导致经济官僚习气颇重，最终伤害了经济活力。第二条道路是前首相小泉纯一郎的“新自由主义”之路，强调放开竞争，增强市场的作用。这确实也在一段时间里把日本经济拉出了衰退泥淖，但却造成贫富差距加大。
菅直人一直非常羡慕英国前首相布莱尔的“第三条道路”。布莱尔在市场与政府、竞争与福利之间，较为成功地走出了一条新路。尽管布莱尔的道路没有完全在自己的任期内完成，其中也不乏需要完善的地方，但给各国开了一个好头。
日本的问题，虽然表现与欧洲和美国不同，但其中也有在市场与权力、竞争与福利之间失去均衡的重要原因。强调政府控制、强调大财团，导致经济微观的活力无法得到长期的保持。同时，强调均等的福利，导致该享受福利的人享受不到公正的、充足的福利，且又会导致福利开支膨胀化。因此，菅直人只有朝着建立以市场为主要导向，恰当弥补市场失效的经济体制，同时建立只对中低收入阶层特别是低收入阶层提供基本福利的稳健的财政支出体制，才能带领日本走出几十年来的巨大困局。
