在阿里巴巴创立初期，马云的“个人色彩”为阿里系各公司起到了保驾护航的重要作用，因为这在一定程度上代表着企业的掌控权高度集中、稳定、目标明确且执行力强大——其效果其实远远大于“六脉神剑”。
事实上，在企业文化这一点上阿里巴巴甚至被很多公司的领导者所羡慕，他们毫不犹豫地认为，成功的企业都需要有影响力的企业文化，一个有影响力的领导人是一个公司品牌文化成功的关键因素。
上述阿里旗下子公司的前高管称，马云对阿里巴巴的管理启蒙思想就来自于《基业长青》一书。
在这本书中，作者柯林斯和波勒斯描述的高瞻远瞩公司的四个特点——热烈拥护的理念、灌输信仰、严密契合和精英主义，这跟阿里巴巴一向所做的基本符合。
也许，任何一家公司想做大，如果仅仅靠收入上的激励是远远不够的，对公司的控制的最佳方式就是精神上的统一，让人齐心协力和认同才是更深层的推动力，从这个意义上讲，企业管理过程中将面临心理学甚至哲学层面的种种辩论，而这些辩论，也都在阿里巴巴出现了。
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企业文化被纳入考核，但很多人单纯是为了KPI而做事
入职有一段时间的阿里员工称，他感觉阿里巴巴现在官僚主义的倾向很严重，企业文化被纳入考核，但部门间很封闭，很多人单纯是为了KPI而做事。
不过，马云对阿里巴巴企业文化的投入不可谓不用心，2009年年初马云还曾经带着阿里系高管去了一趟美国，拜访了很多大公司之后，有一个阶段公司曾经设立过“闻味官”。目的就是为了尽量保证做到让每个进入阿里的员工都认同阿里的企业文化。当时的阿里巴巴集团人力资源总监吴航对本报透露，马云向阿里的人力资源部门提出：要严把招聘关，招聘优秀的人才，要吸引那些“和阿里的味道一样的人”。
尽管后来出现了腐败，但马云对此仍然十分坚持。邵晓锋说了一句话：我们不会要求十多亿人都认同阿里文化，我们只要找出24000个就够了。
为了让企业文化真的影响员工的行为，马云早就开始把员工的业绩考核也和企业文化这些软性的东西联系起来，他试图将企业文化落实在阿里巴巴员工的日常工作中。
在阿里旗下各个公司内部每个季度的考核里，员工的业绩考核分两部分，一部分是跟其他公司一样的“绩效”，还有一个就是价值观部分，各占50%。绩效考核实行1分到5分制，1分最低，5分最高，3.5分及格。
价值观部分的50分由员工自评加上主管对他的评价，最后的分数再加上人力资源三方来最后评定的。
马云认为，三方评定可以确保分数是比较客观公正的。
“确实，要做到5分的话，是非常难的，如果达到4分的话，价值观是非常好的。”吴航当时接受本报采访时说，大概只有10%以内的人在价值观上能得到4分。
不过，阿里巴巴的员工肯定会为此遭遇委屈，因为在阿里巴巴内部实行“二七一”的规定——20%的员工可以评为“最好”，10%的一定会被评为“较差”，70%的人为“一般水平”——这是强制分布的，每个年度，团队的分数都要符合这个“二七一”的分布(注：十人以下团队不按照271制度打分)。
按照吴航当时的解释，人和人肯定是有差别的，这样做主要是要求主管去区分员工的业绩，有好、中、差的区别。而且，人也不可能一直都保持一种状态，某个季度可能好一点，某个季度就可能差一点。“这种业绩导向在销售这种职位上的差异，是很明显看得出来的。”
然而，尽管马云做了这样的安排，尽管他也能在万人大会场上脱稿演讲几个小时内容绝不重复，能“忽悠”世界上最精明的风险投资商为他的“梦”买单，能面对媒体各种刁钻尖锐的问题面不改色，却不能阻止阿里巴巴的新员工无法抵御诱惑，也不能解决爆发式成长中文化浓度不被稀释，此外还有新员工与老员工之间，本土员工与空降兵、海归之间的不断碰撞。
冲突
空降来的高管会有点失落，感觉阿里老人固守，自己无法融入;而老阿里人则认为，新来的人都不知道阿里是怎么走到今天的
走过初创期的阿里巴巴终究还是迎来爆发期增长，大规模新进入员工开始冲击着马云建立起来的文化体系。
一位没有融入阿里巴巴最终离职的淘宝前高管对马云的做法嗤之以鼻。他用“物极必反”来形容对阿里巴巴的企业文化。在他看来，自己不能接受的是某些阿里老员工们对马云那种类似宗教崇拜似的感情。他说：“我可以尊重他是一个企业家，尊重他是一个创始人，但我不需要在灵魂深处把灵魂卖给他，没有必要把他当做一个马云教来崇拜。”
这位前高管概述了什么样的员工能够在阿里巴巴工作久长——那些草根的，原来生活条件不是很好的、毕业后就进入阿里巴巴的以及和马云一起创业的……而那些在跨国公司工作过的、受过外国教育的、相信制度管理的，是不能在阿里巴巴融入的。
在这位淘宝前高管看来，阿里巴巴集团内部出现腐败的原因主要就是互联网这个行业本身就相当浮躁，80后、90后有追富情节，而互联网本来就是个人员流动性高、唯钱是图的行业。出身于跨国公司的这位高管相信，企业制度才是一个公司真正要用来维持生命力的根本。
但在阿里工作了近六年后自己创业的老员工则认为，空降的高管们水土不服是自己的问题，而且他们异化了崇拜感。
这位员工经历了四任空降老板，都是来自中国互联网其他大公司，其中有三个最终自己辞职，一个被公司劝退，没有一个超过一年。
这位员工回忆，空降到阿里巴巴的大多来自Google、百度这些大公司，进入阿里后的级别都在M4以上。而他们这些“土生的”与高M阶层高瞻远瞩的做法不是很匹配，就开始产生冲突：空降来的高管会有点失落，感觉阿里老人固守，自己无法融入;而老阿里人则认为，新来的人都不知道阿里是怎么走到今天的，来了就大刀阔斧地乱改很不合理。
这些冲突引发的不满，即使在这些高管离职之后依然存在。上述阿里的前老员工称，这些空降职业经理人更擅长把报表做高、把用户数拉高这样的手法，但这种单纯为了把财务数字做得好看的做法就是欺骗——违背了“客户第一”的原则。
