克列奥帕特拉与托勒密十三世表面上重归于好，但托勒密十三世并不甘心大权旁落，他对凯撒的作为感到愤怒，想通过抗争夺回权力，他带兵包围了法洛斯岛上的罗马人，在随后发起的攻击中，托勒密十三世不慎跌落溺水，战败而死。托勒密十四世即位，克列奥帕特拉又下嫁自己的异母弟弟，小她十岁的新法老托勒密十四世，可以确定的是，这位埃及艳后现在成为了真正的掌权者。克列奥帕特拉一直保持着与凯撒的关系，并生下了小凯撒——凯撒里昂，这让凯撒相当高兴，克列奥帕特拉母子也应凯撒的邀请到了罗马，但好景不长，凯撒遇刺身亡，克列奥帕特拉匆忙带着儿子回到埃及。依靠凯撒的计划被打乱了，回到埃及的克列奥帕特拉设计谋害了托勒密十四世，让她的儿子凯撒里昂即位为托勒密十五世，至此，她终于完成了与子共治的夙愿。
