短短的三年不到，由于宫廷权斗争和王室内部矛盾的激化，托勒密十三世和克列奥帕特拉姐弟失和，恰逢罗马内战，在姐弟双方都想方设法置对方于死地的时候，庞培取得了埃及的控制权，成为托勒密十三世的监护人，实力陡增的托勒密十三世将克列奥帕特拉逐出王宫。不久，罗马执政官凯撒打败了宿敌庞培，召集姐弟二人，意为调停托勒密王室内部纠纷。克列奥帕特拉命仆人将自己裹在毯子里从密道扛进王宫，凯撒万分惊愕，同时也被这个女人吸引了，古典作家在描述这一情节时写到：“她来了。看见了。征服了。”克列奥帕特拉用自己的魅力征服了这位战无不胜的罗马统帅，同时，她也凭借凯撒的支持回到了王宫，得到了埃及的统治权，再一次与她的弟弟和丈夫托勒密十三世共同执政，但天平显然已经倒向了克列奥帕特拉一边。
