1.月球起源之谜
对于月球的起源，科学家提出3种理论，它们全都有缺陷，但是阿波罗计划却有助于证明，其中看来可能性最小的理论是最佳理论。有些科学家认为，月球是和地球一起，于46亿年以前，从一团宇宙尘埃中生成的。另一种理论认为月球是地球的孩子，也许是从太平洋地区抠出去的。然而阿波罗登月探险的结果表明，地球和月球的结构成份差别很大，有一些科学家提出了另一种假说，即俘获说。他们认为，月亮是偶然闯入地球引力场，而被锁定在目前的轨道上。可是，要从理论上解释这一过程的机制，难度相当大。因此，上述3种理论 全都难以站得住脚。正如罗宾·布列特博士所称：要解释月球不存在，要比解释 月球存在更容易些。
2.月球年龄之谜
令人惊异的是，从月球带回的岩石标本，经分析发现其中99%的年龄要比地球上90%年龄最大的岩石更加年长。阿姆斯特朗在寂静海降落后拣起的第一块岩石的年龄是36亿岁。其他一些岩石的年龄为43亿岁、46亿岁和45亿岁 它几乎和地球及太阳系本身的年龄一样大，地球上最古老的岩石是37亿岁。1973年，世界月球研讨会上曾测定一块年龄为53亿岁的月球岩石。更令人不解的是，这些古老的岩石都采自科学家认为是月球上最年轻的区域。根据这些证据，有些科学家提出，月球在地球形成之前很久很久便已在星际空间形成了。
