学术界对段线性质的解读主要有四种：
段线内岛屿及附近海域归属中国，是中国领土的一部分；段线是“历史性所有权”的范围线，中国要求的是线内的历史性权利， 包括岛、礁、滩、沙的主权和海域一切自然资源的主权权利，保留他国航行、飞越、铺设海底电缆和管道等三项自由；段线是“历史性水域线”，线内的整个海域是中国的历史性水域；段线是国界线，线内属中国，线外属邻国或公海。
从官方来讲，两岸关于段线的说法，也无法统一。1989年7月，台湾“内政部”设立了一个特别委员会，负责丈量领海的基点和基线，并设立另一个协助起草中华民国专属经济区法和领海法的特别委员会。两个特别委员会提出了“历史性水域”概念，但委员会成员之间对此存在分歧。
大陆这边则一直强调对南海诸岛的主权。1958年9月4日的《中华人民共和国政府关于领海的声明》规定，直线基线法和l2海里的领海宽度同样适用于东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛和南沙群岛。1996年5月15日《中华人民共和国关于领海基线的声明》则划定了西沙群岛领海基线。使用直线基线围绕西沙群岛诸岛形成封闭型的折线圈。
但对于南海海域，尤其是九段线，则从未予以任何说明。中国政府始终表示保证外国船舶、飞机在南海国际航道的航行、飞行自由和安全。这一立场被认为是证明了段线内的海域，并未被认为是本国领海。
实际上，自1947年段线划定以来，国际船只在南海的航行也一直未被中国方面制止。而中国政府对西沙群岛领海基线的划定，更从侧面证明这一点：如果九段线内是领海，那么西沙群岛没有必要再划定领海基线。
这令各方都陷入困惑。一些人主张官方尽快明示九段线在划界中的地位和作用，认为这是一个绕不开的问题。
由于专属经济区、大陆架等概念成为现代海洋主权的主要概念，1998年，大陆也颁布了《中华人民共和国专属经济区和大陆架法》。南海诸岛并不在大陆的大陆架上，也无法被200海里专属经济区涵盖。
因此大陆该法第14条指出，“本法的规定不影响中华人民共和国享有的历史性权利。”这一条被认为是对南海权力的坚持。目前仅可查见，国家测绘局2003年5月发布的《公开地图内容表示若干规定》将九段线称为“南海诸岛归属范围线”。这一悄无声息的提法或许显露了大陆方面的底线—岛屿才是重点。
鉴于南海已经被瓜分的现状，以及中国对南海近代以来实际控制的虚弱，大陆一些学者也并不坚持对段线内海域的完全主权，而是重点放在南海诸岛主权上。
原新加坡国立大学东亚研究所邹克渊教授认为，地图上的段线如同其他证据一样，可被看成是支持中国对南海声称的一种证据。
