桂永桂入主海军后，海军最大的变化，就是经费比陈绍宽时代整整增加了10倍，海军的经费从此不再有捉襟见肘的窘况了。
因整治海军有功，1948年，蒋介石正式任命桂永清为海军总司令。
“伏波”号惨案终于发生
由于海军被陆军“接管”，终于酿成了一起重大海难。
1947年3月19日的深夜，海军刚从英国接回的炮舰“伏波”号，在厦门外海被招商局的一艘货轮“海闽”号拦腰撞沉。“伏波”号军舰只有轮机长焦德孝上尉一人获救幸免，其余100多名官兵全部葬身海底。同时遇难的还有海军学校派舰见习的士官生18人。
这一海难，立即引发了一场“大地震”。“伏波”号军舰的官兵有不少是刚刚从英国接受严格训练的海军精英，回国才几个月。肇此巨祸后，英国海军顿觉颜面丢尽，好端端的一艘军舰给中国弄沉了，训练出来的官兵几乎一个不剩……由此对中国当局极为反感，并开始通过各种渠道向中国政府及海军当局进行交涉，要求弄清失事原因。
上海各大报纸数天来竞相报道这一事件，其他报纸的记者也都蜂拥而至。上海海军基地司令部门前人声鼎沸，幸存者焦德孝上尉和基地司令方莹少将成了新闻人物。
方莹是福建闽侯人，与陈绍宽是同乡，毕业于海军系统的吴淞商船学校，是闽系遭到“整肃”后硕果仅存的闽侯籍将领之一，当时被视为闽系的台柱子，陈绍宽在海军的影子。在新闻记者的一再追问下，方莹对陆军及桂永清的不满进发了出来，并道出了一些惊人的内幕。
“伏波”号军舰舰长原为柳鹤图，率舰回国后即被桂永清解职。解职原因，大家心里都有数，那就是柳是福建人，马尾海军学校毕业，是正宗的闽系“余孽”，当然在必须清除之列。“伏波”号全舰官兵也被调换将近三分之二。新任舰长叫姜瑜，电雷学校第一期毕业生，就是从中央军校第八期中选拔出来的18名学生之一，正宗的桂永清嫡系。柳调走后，姜一下就由副舰长升任了“一把手”的舰长。
陆军与海军不同。陆军的团长阵亡或调任，副团长马上就能接上来，副营长升正营长、副团长升正团长，是陆军中的规矩，也是很正常的事。而海军的舰长与副舰长之间有一大段的距离，按海军惯例，一船新手，再加上个没有经验的舰长，焉有不出事的道理！在出航前，海军中多位将领曾向桂永清提出此行恐会发生不测，但桂永清以陆军中的一贯做法根本就不听劝说，照例我行我素，以致造成这次遭到国际耻笑的海难事故。
国内各报对方少将的这番话，一字不漏地予以刊登。方少将图一时痛快，一吐胸中闷气，没想到这一说，竟将闽侯籍海军的最后一点“骨血”给葬送殆尽了。原来陈绍宽在海军中经营多年，闽侯籍官兵不是一下就能清洗干净的，但这一次桂永清下了决心。
身材魁梧但心胸狭窄的桂永清，在此次事件以后的数月中，来了个斩草除根，将海军中闽侯籍将校一一整肃干净，该冻结的冻结，该拉下的拉下，可谓片甲不留。对闽系海军的人，也一一予以甄别，搞得海军全军人心惶惶，怨声载道。
但这一“恶果”，最后还是被桂永清吞下了。国民党在大陆“失守”之前，海军精英们纷纷众叛亲离，几千海军官兵连同几十艘先进的战舰一起投向了中共：“重庆”号出走青岛、第二舰长南京江面倒戈、第一舰队旗舰“长治”号在吴淞口起义……桂永清只好以杀人、甚至是诛连九族满门抄斩，来向蒋介石交差。
桂永清先将陈绍宽时的闽系“降将”、自己的准亲信将领魏济民捉进大牢，又诛杀了“昆仑”号舰长沈彝懋，就连沈在海军学校读书的儿子沈白，也一块儿给解决了。继之，桂永清又迁怒马尾海军学校最后两届毕业生。这两届共三个班，两个航海班，一个轮机班，全部士官都被投进了监狱。在厦门撤退时，不少人在禾山海滩被“倒栽葱”，即将人插入海滩上的淤泥中，这是桂永清在海军中发明的一种处决犯人的新招；又在台湾海峡将一批人装袋沉人海底；其余活口都被带到台湾岛上，长年关在当年日军在凤山留下的专关犯人的山洞里。
