3月28日,周恩来总理发布国务院命令,责成西藏军区彻底平息叛乱;解散西藏地方政府,由西藏自治区筹备委员会行使西藏政府职权。
继拉萨战役之后,人民解放军于4月发起山南战役,7月2举行纳木湖战役,8月至9月举行麦地卡战役;还从4月至8月于昌都东北及昌都以南的盐井地区分别组织了进剿作战,8月至11月于昌都东南地区组织了进剿作战。1959年4月,解放军发起山南战役。曾经饱偿“卫教军”蹂躏之的山南人民,极其热烈地欢迎前来平叛的部队。许多群众提着酥油茶壶到指战员面前说:“解放军辛苦了,喝杯酥油茶吧!”一些藏胞自动抱来马草喂部队的马说:让马吃咆,好去追叛乱分子!有自动赶着□牛、骡马来为平叛部队驮运粮食、物资。
拉萨战役后,在祖国内地学习的西藏公学、团校藏族学员普遍主动要求返藏参加平叛改革。西藏工委决定这两个学校 的叁千多名学员提前毕业返藏。这一批绝大部分出身于农牧民家庭的青年,是平叛改革中的一支朝气蓬勃的本民族新生力量。其中500名青年,组织上满足了他们的参军要求,直接投入平叛的军事行动。他们作战勇敢,工作积极,许多人都立功受奖,经过平叛和边防斗争锻炼考验,后来成长为解放军的优秀干部。如某团1连的赤来,在一次战斗中,单枪匹马对据守山洞的39名叛乱武装激战一小时,负伤5处,仍然坚持战斗,最后在其他4名战士赶来协助下,将39名敌人全部歼灭,战后荣立叁等功。又如某团9连的副排长诺布顿珠,在行军作战中一贯吃大苦耐大劳,多背粮食弹药,还帮助别的战士背被包;在1960年3月唐古拉山以北的战斗中,他生擒了叛首副司令,战后荣立二等功;后来任排长、副连长、县人民武装部部长等职务。亚东籍的玛次仁,在平叛中一贯作战勇敢,1960年牺牲在波密地区的一次战斗中。
1960年,人民解放军 又对集中盘踞在恩达、丁青、嘉黎、扎木之间地区的叛乱武装,盘踞在青藏公路温泉站至那曲一线以东、巴青以北之唐古拉南北地区的叛乱武装,盘踞在申扎、萨噶、定日之间地区 的叛乱武装,盘踞在马泉河以南、中(国)尼(泊尔)国界以北、里孜以西、公珠湖以东地区的叛乱武装,盘踞于芒康、叁岩地区的叛乱武装,先后发起了进剿作战。到年底,基本上平息了全区的大股武装叛乱活动 。
进剿申扎、萨噶一带叛乱武装,经军事打击歼灭501人,(其中击毙仅53人,击伤320人)而经政治争取招降887人。1960年2月解放军发起进剿恩达、丁青、嘉黎、扎木之间地区的叛乱武装战役前,藏胞罗松主动向丁青县委书记要求 进入叛乱武装区内了解情况获准。3月,进剿开始后,罗松返回报告了一个重要情况:一股千余人的叛乱武装埋伏在沙丁附近,准备伏击解放军的进剿部队。县委书记立即带着他去部队。这一情报,使正准备途经沙丁赶赴边坝的部队改变决定,先出其不意地包围了沙丁,全歼了这股叛乱武装一千多人(包括1名经美国训练的空投特务)。如果没有罗松的出色工作,解放军就会遭受损失。在平叛中,许多地方的藏胞群众自发组成各种自卫武装,站岗放哨,监督不法分子,护秋护场护畜,为部队剌探情况,充当响导,积极协同解放军搜山,捉拿流窜隐藏的叛乱分子。如林芝县东久村的群众自卫武装,在两个月中,搜查并活捉了叛乱分子13名,配合解放军围歼叛乱分子140多名;农奴拉巴单人带了一条狗跟踪 追赶敌人,在雪山上潜伏一天半,将3名叛乱分子活捉。1959年10月,察隅自卫队配合部队在罗马村围歼叛乱武装24名。1960年3月,该自卫队又将从芒康、左贡一带窜至察隅县古拉区抢劫的叛乱武装20多人歼灭,夺回被抢劫的马、牛、羊700余头(只)。该队中最积极勇敢的队员昂旺赤村,曾经智擒叛乱分子8名、劝降6名。
一次,他被叛乱武装抓住后,机智逃脱,随即向解放军报告,并主动带路,一举歼灭叛乱分子43名。1961年1月24日,平叛部队8名干部战士与江达县群众自卫队员15人联合作战,击毙重要叛首四朗巴登以下4名,俘4名,缴枪5支。山南加查县邦达乡女乡长兼群众武装负责人次仁琼宗,带领群众同叛乱分子坚决斗争。1961年4月2日,她被两名叛乱分子拦在路上,逼她投降;她痛斥叛乱分子,与之搏斗,被敌人连砍9刀,壮烈牺牲。当地藏胞为了永久纪念她,将她的塑像和事迹至今陈列在当地革命烈士陵园里。
1961年,人民解放军进一步对分散在昌都东南地区和林芝、拉萨、那曲接合部地区以及其他地区的残余叛乱武装展开搜剿、侦捕。一些前两年漏歼的叛乱首领、小股武装陆续就歼、投诚。平叛中,全区残余叛乱武装的许多重要首领,都纷纷投诚或投降,包括2月昌都地区叛首八角喇嘛投诚,3月申扎叛首保保阿工投诚,6月芒康叛首甲措本投诚,7月迫降边坝叛首阿旺洛桑等。其中争取保保阿工,先后派出26人次前往宣传、劝说,终于争取其投诚来归。曾经与共产党、人民政府有良好的合作共事关系。
如曾任达赖驻京办事处处长的然巴朗杰旺秋、曾任亚东下司马管理委员会主任的赤门索南班觉等人,只是在叛乱武装命令其断绝与人民政府的来往,强逼其签字参叛,否则格杀勿论,才被迫参叛的。参叛后,他们并无多少具体活动,也不受叛乱武装的信任。对他们,在处理上就与顽固的叛首不同。如拉萨战役俘获然巴朗杰旺秋后,仅拘押两周,一经问清情况即予释放;对战后逃往国外的赤门索南班觉,立即通过家人捎信,争取他很快投诚回归,与家人团聚。几年后,即再安排然巴、赤门参加工作。对于参叛后虽有具体活动,但被俘后认罪态度好、确有悔改表现者,亦均从轻判处,一般只监禁数年即予释放。如1964年释放土登旦达、卡那喀巧德钦等人;1965年释放拉鲁、松多等人。后来,也都给他们安排了工作。