为避开渤海轮渡与辽渔新港的关联关系之嫌，招股书中强调了该公司虽在大连方向靠泊于辽渔港务公司所属大连湾新港码头，但公司完全具备直接面向市场独立经营的能力，对控股股东不存在重大依赖。
然而招股书中又提到，报告期初至2009年11月，根据渤海轮渡与辽渔港务公司的港口代理协议，渤海轮渡在大连方向的票款收入存入辽渔港务公司银行账户，双方定期结算票款收入。
在该结算模式下，由于辽渔港务公司对该账户资金具有完全支配权，因此在2007年末曾发生过辽渔港务公司不足额结算票款收入，而将资金交由辽渔集团使用的情况，形成了短期的经营性资金占用。
在渤海轮渡第一次过会时，证监会未予批准其过会的原因则称：“报告期内存在关联方辽渔港务公司不足额结算代收票款收入而将资金交由控股股东辽渔集团使用等情况。由于上述情况，难以判断你公司能否规范运行。”
此次的招股说明书中，渤海轮渡表示，2010年9月1日之后，公司在大连靠泊码头不再由辽渔港务公司进口港口代理售票。但渤海轮渡与大股东之间千丝万缕的联系依然难以说清。
