不过，现实情况并没有按照政策最初预计的方向发展，由于抵扣链条的不完善，对上海的交通运输企业而言，一方面它们要为上游企业开具增值税专用发票，另一方面由于增值税并未覆盖到全行业，很多企业并不能开具增值税发票，由此，交通运输业的进项缺少可以用来抵扣的发票，比如现在很多加油站都没有增值税专用发票，上述两重因素叠加导致企业税负增加。
由此，分析人士指出，如果在大范围内推广“营改增”必然需要完善增值税的抵扣链条，并调整增值税的税率结构。
中国社科院财经战略研究院院长高培勇指出，上海应对企业税负增加的问题只是成立基金对此进行修补改革，这只能应对局部问题，但若长期实施甚至推广至全国，则肯定会遭遇一系列难题，而降低增值税税率能达到结构性减税效果，也能符合中国发展服务业的目标。
另一方面，中央财经大学税务学院副院长刘桓告诉记者，为避免“营改增”之后，税负大幅增加的情况再次出现，推广的地区一定要首先测算试点企业的进项到底能有多少，进而再制定税率应该定到多少。
问：“营改增”后我的企业怎样才能税负最低？
答：目前只有上海试点“营改增”，其整体税负的降低吸引了大量企业入驻，“洼地效应”明显。但是随着“营改增”在全国范围内逐步铺开，这一现象将有所改善。
尽管“营改增”试点初期，上海部分交通运输企业税负出现不降反增的情况，但由于此项改革带来的效果是整体税负降低，所以上海试点改革后依然吸引大量企业入驻。
数据显示，上海在5个月内包含交通运输业和部分现代服务业新增了6336户企业，另外还有1万多户老企业也添加了“营改增”所对应的业务活动，这说明，上海实行“营改增”的企业对其他地区的同类企业是有竞争优势的。
由于上海地区试点的改革吸引大量企业入驻，有业内人士担心，如果全国企业都聚集到上海地区，则将会影响其余地区的经济发展。
中国商业联合会会长张志刚告诉记者，上海试点此项改革后，很多企业都到上海注册公司，如果其他地区不跟进，企业主跑到上海去注册企业并纳税却在其他地区经营，其他地方将难以承受税收的流失。
张志刚介绍，此项改革试点后，江苏等距离上海地区较近的企业都纷纷选择到上海地区注册公司，以达到少缴税的目的，由于现在消息显示不少地区都在申请此项试点，因而此现象并未在全国范围内显现，但如果此项改革再不推开，“洼地效应”将会越来越明显。
正是为避免企业大量流失，全国各地都在积极申请试点此项改革。张志刚透露，从目前的情况看，地方要求参加试点的积极性很高，从今年下半年开始，做好必要准备工作以后，北京、天津、重庆等直辖市，以及其他经济比较发达的地区可能会陆续成为扩大范围后的试点。相信经过试点取得经验以后，其他地区乃至全国也将逐步全面铺开。
按照计划，我国将在“十二五”期间将此项改革在全国推广。国家税务总局表示，试点地区的增加、试点行业的拓展以及全国性行业试点的推进，将在总结经验和完善制度设计的基础上统筹考虑。
但是原国税局副局长、中国注册税务师协会会长许善达则认为，刨去已经过去的2011年，要在2015年实现目标，未来仅剩下2013、2014两年，今年上海刚开始试点，这意味着不可能通过一次性改革将所有营业税改为增值税，如果说2015年能把这十个行业的税改完成，也是一件很不容易的事情。他建议，应该在上海试行后，再根据经济发展，逐步扩大范围，覆盖所有税目和地区。
问：“营改增”过程中主要有哪些难题？
答：在地方政府财政收入增速放缓的背景下，要推广“营改增”改革，如果不理顺如何划分收入的关系，改革将会面临地方阻力。由于存在某些政策性缺陷，会出现企业虚开发票的问题。
增值税是我国第一大税种，其收入是按照75%和25%的比例由中央和地方分成，营业税为地方税种，除部分收入上缴中央外，其余归属地方。原先归地方政府所有的营业税改为征收增值税后，如果按照现行增值税的分成模式，其需要将75%上交给中央。财政部财政科学研究所副所长刘尚希表示，在地方政府财政收入增速放缓的背景下，要推广“营改增”改革，如果不理顺如何划分收入的关系，改革将会面临地方阻力。
为应对上述问题，上海试点所采取的措施是，原属于营业税的这部分收入，转成增值税以后，仍然归属于地方。
不过，刘尚希指出，未来如果在大范围内推广此项改革，不会允许把改征后的收入全部划归成地方收入。如果增值税改革继续推广，税收收入如何划分的问题就需要尽快理顺。
对此，国家税务总局货物和劳务税司副司长龙岳辉曾解释，改革试点方案对税收征管问题有明确规定，营业税改征增值税后的税收征管仍由国家税务局来负责，试点企业在申报纳税时，原来向地税局申报的现在要改为向国税局申报。
此外，在税收监管方面，上海青瑞税务师事务所负责人李言明也指出，虚开发票等问题也成为阻碍此次改革顺利实施的难点之一。“这次改革确实存在某些政策性缺陷，比如一般纳税人接收试点地区交通运输业小规模纳税人向税务机关代开的增值税专用发票是按照发票上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算抵扣进行税额的，而小规模纳税人是按照简易征收率3%缴纳增值税，这与增值税税收制度设计相悖，存在增值税征收链条断裂的问题，这样会出现小规模交通企业虚开发票的问题，给监管带来新的难题。” 李言明表示。
政策答疑
2011年11月16日，财政部和国税总局发布《营业税改征增值税试点方案》(以下简称《试点方案》)，同时印发《关于在上海市开展营业税改征增值税试点的通知》，根据《试点方案》，改革试点的主要税制安排为：
——在现行增值税17%标准税率和13%低税率基础上，新增11%和6%两档低税率。租赁有形动产等适用17%税率，交通运输业、建筑业等适用11%税率，其他部分现代服务业适用6%税率。
——交通运输业、建筑业、邮电通信业、现代服务业、文化体育业、销售不动产和转让无形资产，原则上适用增值税一般计税方法。金融保险业和生活性服务业，原则上适用增值税简易计税方法。
