在充满屠杀和血泪的史料中憋了一肚子气的前退役军官陆川，绝对也不愿只是“平静而忠实地”记录历史。“70年了，我们还以一个弱者的姿态聊这事儿就太傻了”。
剧本第一稿中，写的就是一个个中国人不同的抵抗故事。随着拍摄过程几经易稿，最终，《南京！南京！》定位在“五个中国人是怎么救自己，看日本兵是怎么崩溃的”。
让陆川有信心拍“中国人的抵抗史”，同样来自中国以外的日记记载。一名日本士兵在日记中讲到，一日本小分队进入南京之后，发现一个德式坦克停在大街上，待他们一过去，从坦克里面突然伸出一架机关枪嗒嗒嗒将这小队全射倒，最后日本的大部队进来将他们包围住，尽管坦克里已经没弹药了，日本人还是不敢上，最后浇上汽油把反抗者活活烧死在坦克里。另一个士兵在日记里提到他看到的“街头巷尾的冷枪”的事情……
而在拉贝和魏特林的日记里，陆川也发现了“大批的新鲜的东西”。他们都记录下同一件事：今天日本人到难民营要妓女，说你们这儿有没有妓女我们要带走。拉贝在日记里写着“我们让他们带走了”；而魏特林的日记里说“有些妓女主动站了出来，我就让他们带走了”。这个事情在金陵女子学院陈瑞方老师的日记里也有记载。
正是这些甚至仅只言片语的描述，让导演确定，这个戏在中国人这一方面有做头了。他开始相信，中国人走到今天，一定是有一些东西在支撑这个民族去生存的。
于是，有了影片最重要的两个段落：中国军人在巷战的坚强抵抗，和难民营里妓女以身体拯救同胞。
在完片之后，陆川喜欢以“坐标”来定义这部呕心创作的影片，“意味着可能从这部电影开始，中国人再说起这段历史时，能够记起一张张生动的面孔，即使在黑暗的时候，他们也不曾被黑暗吞噬……”
尽管30万血腥屠杀的真实图景也被导演有心地安排在电影叙事中，可是的确，每一个看完电影的人，都深深地记住了那些引以为骄傲的中国人的脸：军人陆剑雄的坚毅眼神；妓女小江在教堂里伸向空中的手，她走向日本军营时的回眸甚至带着圣洁的光；唐先生在死亡前对屠杀者说“我太太又怀孕了”，脸上是骄傲和满足；教师姜淑云，为了多救一个中国男人，她的美丽定格在最后的尊严中；而生还后小豆子的笑，带给人们生命的希望……
陆川记录了那座濒死之城下，普通甚至卑贱的他们，在生命无选择的最后时刻，画出的人生暗夜里最绚烂的那道弧线。
可是，这些原型可考的中国脸孔，代表了那段历史的真实气质吗？
让人郁闷的真实历史
电影的主打海报中，以刘烨为中心的军人们手挽着手，坚毅的面庞上刻着众志成城的决心，海报的上端赫然印着“我们依然活着，因为我们一直在抵抗”。
这是个很能够挑逗起国人热血的画面设计，在真实的历史背景下，却充满着反讽。
1937年11月20日，日本军队从上海逼近南京，国民党政府发表迁都重庆的通告，南京陷入一片混乱。以唐生智为司令的南京卫戍部队陆续汇集了15万人保卫首都。
12月7日凌晨，蒋介石夫妇乘飞机离开南京往江西。一两天后，国民政府的军政要员、市政府要员们，也全部从南京撤离。
12月11日，国民政府军事委员会下令南京守军撤退。
12月12日，日军主力猛攻雨花台。中午，雨花台陷落。下午2时，中华门被攻陷。下午5时，唐生智见大势已去，宣布放弃南京，自己仓促地离开南京。
电影一开场，就描述了国民党守军那段尴尬的弃城。以陆剑雄(刘烨饰演)为首的誓死守城官兵，手挽着手试图阻止弃城逃亡官兵，并与之展开肉搏战。
12月13日，南京沦陷。屠城随之展开。
14日清晨，日军的坦克车、炮队、以及各种车队进入了南京城，继续屠杀四处逃散的难民。下午，又打开挹江门、和平门，将屠杀行动的范围扩展到了城外。
现实历史中，手无寸铁的市民和刚从战场溃败的官兵，面对执行“大屠杀”命令的日本军队，他们可能有的抵抗和不屈行为，很难给日后的艺术创作提供太多发挥空间。
在接受《中国新闻周刊》采访时，陆川承认，“我在看这些史料的过程中，基本上是沉浸在黑暗中，你看到的是虐杀虐杀，强奸强奸，反抗就是集中在紫金山保卫战那段时间。12月13日南京陷落之后，你发现基本上整城的中国士兵和百姓就顺从地被驱赶着。当时看到这些，真的是觉得巨郁闷。”
