纳土纳群岛距曾母暗沙约400公里，与曾母暗沙纬度略同。距中国大陆陆地约1900公里，相当于广州到北京的距离。距加里曼丹岛最近之处225公里。
1993年中国出版的一份地图把纳土纳列入中国版图，引起印尼强烈反弹，一度要求北京作出澄清。
北京并没有明确回复印尼，说明该岛仍然有着争议主权的地位。在以后适当的时机下，中国政府仍然有可能对纳土纳群岛申索主权。
纳土纳群岛的领土面积总和是南沙群岛的1000倍
2010年7月中国海军第6批护航编队航行至纳土纳群岛海域后，昆仑山号船坞登陆舰在该海域进行了两栖登陆演习。当时一度引起舆论的轩然大波。
昆仑山舰在纳土纳群岛海域进行两栖船坞沉降作业
印尼军官卢胡特说，印尼国家石油公司和美国雪佛龙公司在纳土纳群岛的合作有助于保护印尼的主权主张，因为有美国的参与。卢胡特说：“这是目标之一，向中国放出信号：好了，你不能到这儿来，因为这里也有美国在。”
