华佗对自己的医生身份，一直是耿耿于怀深以为耻的。史曰其“然本作士人，以医见业，意常自悔”，所以，华佗时刻在寻找走上仕途的机会，遗憾的是，所有人都把他看做是一个好医生，而没有人把他看成是一个可以从政的士人。
这个本来也无可厚非，如果让一个好医生舍弃了医生身份而去从政，实在有点可惜。而作为华佗，自己的理想是走上仕途，这个想法本也没有错，可惜的是，华佗在试图走上仕途的过程中非但犯了一个大错，而且还暴露了他道德上的缺陷，并为此付出了生命的代价。当时的魏王曹操患有头痛病，后来尤甚。华佗医术高明，曹操遂“使佗专视”，华佗成为曹操的“御医”。华佗看了曹操的病情后，说：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”意思是这个病一时难以治好，需要假以时日方可。
影视剧中的曹操
在为曹操治疗的过程中，华佗便开始故意拖延进程，并又借口“当得家书，方欲暂还耳。乃归家”，而到家以后，又假辞以妻子生病，数次逾期不归。究其本意，乃是意图要挟曹操，谋取官职。
曹操屡次手书招呼，又敕令郡县发遣，而“(华)佗恃能厌食事，犹不上道”。曹操“大怒，使人往检”，但是他还是小心地先求证了一下，没有就此给华佗定罪：“若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日；若其虚诈，便收送之。”于是华佗谎言被揭穿，下狱。
在华佗下狱后，曹操手下的头号谋臣荀彧为华佗求情，说：“佗术实工，人命所县，宜含宥之。”而曹操不从，并说：“不忧，天下当无此鼠辈耶？”到了这个时候，曹操对华佗的鄙薄之意已然溢于言表。
华佗塑像
作为一个医生，把为病人治病当做走上仕途的手段而故意拖延并以此为要挟，华佗此举实在是有损医德，是可称为无良医生，曹操对他看不起，当是在情理之中。
所以在华佗死后，曹操头痛病虽然还是时时发作，但亦终不悔，并道：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”此话一针见血，道出了华佗的心思和华佗被杀的原因。可叹华佗一代神医，医术固然一流，只是却欲与一代雄杰的曹操玩弄权术，未免过于小瞧了曹操。
曹操唯一一次后悔杀华佗，是在他的爱子仓舒病重的时候，曾说“吾悔杀华佗，令此儿强死也”，对此子的爱惜之心可见一斑，难怪后来曹丕说如果仓舒在，他这个太子能不能当得上恐怕就很成问题了。华佗机关算尽，反误了卿卿性命，非但身死，还连带着“麻沸散”和他精湛的外科手术就此失传。要是这些都流传下来，那中华医学或许还可以因此而填补一下外科手术上的缺憾，而现在却只留下他创造的健身法“五禽戏”，着实令人扼腕叹息。
