噩耗传出，北平的日本占领军和汉奸政权重重祭奠了这位不肯屈就的大人物，甚至连日军侵华最高司令官也参加了公祭仪式，而华北沦陷区的各省市三日之内均下半旗志哀。
吴佩孚究竟是怎样死的?至少有以下几种说法：一是“病死说”。
所谓福无双至，祸不单行，吴佩孚牙床发炎后，又因为不小心出去没有戴帽子保暖，天寒地冻，因此就又得了重感冒。那时，吴佩孚有一姓赵的中医，故而由他开了个药方子，先后吃了两服药，效果还不错，感觉都已经快好了。但不幸的是，吴的家人又将吴的老上司——曹锟的医生曹某请来治病，这位医生是有名的庸医，绰号“曹要命”，他草草开了方子，吴佩孚在晚上10点钟服药，刚过12点病况就迅速恶化了。吴佩孚之死，就死在这个江湖医生的手里。
服下曹某开的中药后，吴佩孚浑身发冷，可巧那天吴宅里的暖气又坏了，无论盖什么被子都不解决问题。到了凌晨两点多钟，人已经差不多完了，大家赶忙找来他的儿子——实际上是吴的过继侄子，准备后事。但到了凌晨5点钟后，吴佩孚的病情却又逐渐好起来了。
晚年的吴佩孚
第二天吴见到幕僚们说：“呵!昨天夜里险些死了。”当时吴身边的人大都反对再请“曹要命”来治病，但吴佩孚的夫人张氏非常相信他，因为他是曹锟的私人医生，想来总不会太差。“曹要命”又欺骗张夫人说：“再吃一服药就好了。”结果又吃了一服。这次的反应与上一次不同，不是发冷，而是发烧，将所有的窗户都打开，也丝毫不起作用。
四是明示“日本人害死说”。《民国怪状大观》就是这么说的。原文是：“据说吴佩孚死于牙疾，且主刀者系日本人医生石田。那日医动手术时，只一刀下去，只听吴大帅一声惨叫，顿时喉管开裂，血流如注而身亡。终年66岁。”
