张献忠死后12年(1659年)，四川温江县清查户口，全县只有32户，男丁31名，女丁23名，“楱榛莽莽，如天地初辟”。这是张献忠大肆屠戮的结果。当时的民谚说：“岁逢甲乙丙，此地血流红”，“流流贼，贼流流，上界差他斩人头。若有一人斩不尽，行瘟使者在后头”。不少史学家调查研究后发现，近代四川人很少有土生土长的，几乎都是从外省迁来的。如成都周边的所谓上五县——新津、大邑、崇庆、郫县、都江堰的老四川人，就基本上由“湖广填四川”而来。
张献忠死后，清朝官员到成都来接管，城内竟然找不到作衙门的屋舍，不得不临时将省府衙门改设在保宁府(今阆中县)。一直到顺治十六年(1659年)，省府才迁回成都。那时全川人口大约八万，十里不见人烟。成都全城居民才数十户。闾巷不存，旧街难认，到处丛莽，兔走雉飞。有人站在南门城墙上，一天之内看见锦江对岸先后有虎13只相继走过。经历了张献忠的屠刀，四川人几乎都被杀光了。甚至也波及到一般平民百姓，例如，顺治二年十二月就张献忠开“特科”前来赴选的进士、举人、贡士，被张称为“谋图不轨”，一次屠杀至少有5000人之多。再如屠城，攻成都，数日不下，攻陷后“屠城三日，贵贱同尽。惟少艾妇女为营伍所匿者暂得免”;攻重庆时“尽屠其城。间有避匿得存得，查出复断其手”。这些当有过甚之辞。但张献忠这种“除城尽剿”的政策，显然无法真正划分顺逆的界限，而玉石不分的剿杀势必造成镇压的扩大化。
另外，张献忠还杀过医僧匠役。《蜀难叙略》云：“僧道医卜百工技艺之人，或找斋醮，或考试，或兴大工之类，(献忠)悉诱之杀之。”更为严重的错误是在农民军内部的残杀。张献忠与李自成在川北与汉中地区多次发生武装冲突，以至发展到屠杀靠拢李自成的四川人。
清军入关以后，大西政权成为清军、明军和地方武装攻击的主要目标，张献忠“外有强邻压境”，内有四川境内许多地方武装暴乱，自以为“蜀人负朕，恨入骨髓”，敌我不分，首从不问，自杀军士，确定军队要屠的有三等：“其一系川人，在川应募者，有系川人而在他省投充入伍者;其二系他省人而在他省投充入伍者，有系他省人而在川中随营者;其三有系明朝官兵者;有系阵前俘获者，又有系夥并响马内收入者，俱当尽诛。”有人认为由于粮食奇缺，张献忠的部队不得已而杀人充饥。
明清之际，四川人口的锐减是惊人的。明万历六年(1578年)，据官方统计，四川省“户二十六万二千六百九十四，口三百一十万二千七十三”(《明会要》)卷五十。不包括大量的荫户、漏户以及逃亡人口)，但到清康熙二十四年(1685年)，四川“通省之户口，总计仍不过一万八千九十余丁”(见嘉庆《四川通志》)，若把妇孺估算在内，设每丁折合五人，也只有九万余口。历代封建文人把四川人口的锐减归咎于张献忠，说他是杀星下界，杀人如麻。鲁迅先生在《晨凉漫记》中谈到过张献忠的杀人问题：“他开初并不很杀人，他何尝不想做皇帝。后来知道李自成进了北京，接着是清兵入关，自己只剩下没落这一条路，于是就开手杀、杀……”张献忠的统治使素有天府之国之称的四川遭到毁灭性的破坏;人口锐减，从而有从清初开始，长达一个多世纪的大移民，这就是历史上有名的“湖广填四川”。
