在西太后盛怒之下，发动政变，胡桃杏子一起数，将杨锐也一并杀掉之后，张之洞没有受到任何牵累，依旧好官照做。《清史稿》一向为人诟病，但在这一点上看得却很准：“政变作，之洞先着《劝学篇》以见意，得免议。”
接下来，张之洞又亲手扑灭了自立军起义，将自己的另一个学生唐才常的性命送掉，毫不手软。不久，又在武昌识破导致官民恐慌的“假光绪案”，将有宫里太监配合，长得很像、演得也很像的假光绪押回北京，避免了西太后的一次统治危机。然而，就在西太后连同所有的人都认为张之洞已经变成死心塌地的保后派的时候，北方闹起了义和团，杀洋灭教，而西太后认为西方列强支持光绪，信了义和团的“神术”，愤而支持义和团，公然对所有列强宣战。在这个兴亡存续的关键时刻，他却公然抗命，拉上刘坤一、李鸿章和袁世凯，跟各国的领事搞起了东南互保，跟老佛爷唱起了对台戏。有野史说抗命之时，幕僚草拟奏章上有这样的话：臣职守东南，不敢奉诏。张之洞言道：这老寡妇得吓她一下，改：臣坐拥东南，死不奉诏！不管这事真假，反正张之洞带头不理会老佛爷的“乱命”，一任“老寡妇”被八国联军蹂躏却是千真万确的事实。如果老佛爷并光绪皇帝没有逃出来，或者逃出来死在乱军和义和团之手，那也只好让她听天由命了。
在张之洞看来，站队选择西太后，是因为当时的朝廷实际上姓叶赫那拉，为了自己的身家性命，只能选择站在优势者一边。可是，如果朝廷当政者真的昏了头，跟列强作对，属于明显的拿鸡蛋往石头上碰，真的碰上去了，多半跟领兵出征和八国联军干的李秉衡一样，在洋人的马蹄下翘了辫子。这种事情，对于一世精明的张之洞来说，是无论如何都不能干的，到了这个地步，名节又是第二位的了。在做清流的时候没有学吴可读，做了封疆大吏自然也不能学李秉衡。
张之洞的精明还体现在他的谨慎小心上，为官多年，他从来不肯弄险。有一则轶事很能说明问题，那是他生命的最后几年，张之洞被调往京城，明摆着是入军机，主持新政，但在任命没有下来之前，他到了军机处的台阶前，任凭里面的张百熙百般呼唤，就是不肯踏上那一块豆腐高的台阶半步。原来，当年雍正设立这个机构的时候，曾有这样的规矩，非军机处的人，不论官衔多大，只要非请踏上军机处的台阶，一律杀头。
可是到了晚清，这个规矩早就没有人理了，但是人家张之洞却依旧如此较真，其谨慎非同一般。另外，虽然后世史家将张之洞划归洋务派或者地方实力派之列，但他跟自曾、左、李以来的一班儿跋扈的督抚还是很不一样。虽然他的确坐拥东南，兵马、人事、钱粮大权在握，办工厂、练新军都是大手笔。却很少将他办的事业，看成自己的夹袋中物。以练兵为例，虽然据说此公弱不禁风，骑马阅兵还得两个人扶着，但对于学习西方，实行军事现代化却情有独钟。
编练完全洋式的新军，他其实跟小站练兵的胡一道起步，但调离两江总督任上，就将辛辛苦苦练成的自强军留给了刘坤一(结果是被人家糟蹋掉了)；回到湖广任上，又练成湖北常备军(湖北新军)，1906年调京入军机，再次交给别人统领。所以，我们在讲到现代军阀的时候，可以上推至曾、左、李，但张之洞却不在其中。
这里面的缘故，很大程度上在于他的谨慎小心，他不想在朝廷或者历史面前留下任何一点可能危及其名节的把柄，其用心跟扑灭太平天国之后，曾国藩遣散湘军是一样的。忠于清朝是他精心维护的名节之重心，对于这一点，他实在不想令其染上任何的污点。用他自己的话打个比喻，在事功和名节面前，名节肯定是体，而事功只能算是用。
正因为如此，做京官的时候，张之洞要做清流，尽管事实上没有得罪人，反而因此获得利益，但一定会博得“敢言”之名。这种名声背后的潜台词，就是刚正不阿，属于忠臣之本。出来办洋务，不论事情办得多么声势浩大，但对朝廷，却决不有大的违拗，关键时刻，甚至不惜用变革者的血，洗刷自身的名节。但是如果朝廷昏到了让他白白去送死的关头，那他还是会将保全自己的身家性命放在第一位。显然，这是所有处事精明者的共同底线。这时候，我们发现了，对于会做官的人来说，无论这个体那个用，“体”弄到最后就是自己的躯壳，顶多再算上自己家人的躯壳。体就是体，如此而已，岂有他哉？
